当前解析结果
SmilChr03G004748| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004748 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004748 |
| 描述 | uncharacterized protein At2g39795, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 64579967 - 64581746 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015597 |
|---|---|
| GeneID | 131015597 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015597 |
| 原始查询 | LOC131015597 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829323]; symbol=AT4G31930; hit=AT4G31930; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829323]; symbol=AT4G31930; hit=AT4G31930; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT4G31930 (AT4G31930)Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829323] identity=43.8; qcov=0.979; evalue=4.63e-67; confidence=medium |
| Rice | Os09g0557400- identity=37.6; qcov=0.828; evalue=4.01e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0005759 (mitochondrial matrix) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02330 (MAM33) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015597 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057800014.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800014.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800014.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800014.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057800014.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:64580165 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B86,C11,C69 |
Chr3:64580219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,C12 |
Chr3:64580589 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr3:64580611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:64580632 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:64580743 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr3:64581460 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800014.1PF02330
MAM33 65-236 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800014.1 |
Pfam | PF02330 |
MAM33 | Domain | 65 | 236 | 1.3e-22 | 81.5 | Mitochondrial glycoprotein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。