当前解析结果
SmilChr03G004747| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004747 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004747 |
| 描述 | Golgi SNAP receptor complex member 1-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 64576698 - 64579862 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015598 |
|---|---|
| GeneID | 131015598 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015598 |
| 原始查询 | LOC131015598 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Golgi SNAP receptor complex member 1-1 |
| 产物 | Golgi SNAP receptor complex member 1-1 |
| Arabidopsis | AT1G15880 (GOS11)golgi snare 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838158] identity=78.1; qcov=1.01; evalue=3.92e-123; confidence=high |
| Rice | Os08g0440000- identity=69.3; qcov=0.986; evalue=1.17e-105; confidence=high |
| GO | GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0005797 (Golgi medial cisterna); GO:0005801 (cis-Golgi network); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0006906 (vesicle fusion); GO:0031201 (SNARE complex) |
| KEGG | smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF12352 (V-SNARE_C); PF27017 (GOSR1_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015598 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057800015.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057800015.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057800015.1 |
| 4 | Cis-golgi network | Cis-golgi network | 0.20000 | XP_057800015.1 |
| 5 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057800015.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:64577802 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B86 |
Chr3:64578457 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B105 |
Chr3:64578457 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800015.1PF27017
GOSR1_N 6-112 aa
PF12352
V-SNARE_C 132-196 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800015.1 |
Pfam | PF27017 |
GOSR1_N | Domain | 6 | 112 | 8.2e-17 | 62.4 | GOSR1 N-terminal domain |
XP_057800015.1 |
Pfam | PF12352 |
V-SNARE_C | Domain | 132 | 196 | 2.9e-19 | 69.8 | Snare region anchored in the vesicle membrane C-terminus |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。