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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001709

染色体: Chr03 坐标: 22854749-22857932 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001709
名称SmilChr03G001709
描述homeobox protein BEL1 homolog
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向22854749 - 22857932 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015624
GeneID131015624
locus_tag-
NCBI NameLOC131015624
原始查询LOC131015624

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述homeobox protein BEL1 homolog
产物homeobox protein BEL1 homolog
ArabidopsisAT5G41410 (BEL1)
POX (plant homeobox) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834143]
identity=48.6; qcov=0.925; evalue=7.15e-132; confidence=high
RiceOs03g0124000
-
identity=40.5; qcov=0.97; evalue=9.25e-116; confidence=medium
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00046 (Homeodomain); PF05920 (Homeobox_KN); PF07526 (POX)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015624

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800046.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800046.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800046.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800046.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800046.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:22855104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C51
Chr3:22855127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A24,B46,D3
Chr3:22855192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:22855256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B47,B78,C33,C61,C72
Chr3:22856036 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B26
Chr3:22856036 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B26
Chr3:22856065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C60
Chr3:22856158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr3:22856176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,D6
Chr3:22856344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B46,B8,B94,C48,D10
Chr3:22856529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B13,B131,B66,D11
Chr3:22856538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800046.1
560 aa
N
1
280
560
POX
Homeobox_KN
Homeodomain
C
PF07526 POX 175-295 aa PF05920 Homeobox_KN 365-404 aa PF00046 Homeodomain 372-404 aa
XP_057800047.1
560 aa
N
1
280
560
POX
Homeobox_KN
Homeodomain
C
PF07526 POX 175-295 aa PF05920 Homeobox_KN 365-404 aa PF00046 Homeodomain 372-404 aa
XP_057800048.1
560 aa
N
1
280
560
POX
Homeobox_KN
Homeodomain
C
PF07526 POX 175-295 aa PF05920 Homeobox_KN 365-404 aa PF00046 Homeodomain 372-404 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800046.1 Pfam PF07526 POX Domain 175 295 1.4e-42 146.1 Associated with HOX
XP_057800046.1 Pfam PF05920 Homeobox_KN Family 365 404 3.2e-19 69.2 Homeobox KN domain
XP_057800046.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 372 404 1.3e-06 28.8 Homeodomain
XP_057800047.1 Pfam PF07526 POX Domain 175 295 1.4e-42 146.1 Associated with HOX
XP_057800047.1 Pfam PF05920 Homeobox_KN Family 365 404 3.2e-19 69.2 Homeobox KN domain
XP_057800047.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 372 404 1.3e-06 28.8 Homeodomain
XP_057800048.1 Pfam PF07526 POX Domain 175 295 1.4e-42 146.1 Associated with HOX
XP_057800048.1 Pfam PF05920 Homeobox_KN Family 365 404 3.2e-19 69.2 Homeobox KN domain
XP_057800048.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 372 404 1.3e-06 28.8 Homeodomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944063.1
CTATTTTGTATGCATGTGGTGTATTATATATAACACTTTGCATTGACCCACTTCTTCTTTTAGAGAGAGAGGAGGATCAAATGATGAATGTGGGTTGTAGTCCGAATCATCATGATCTTTGAAGAAGAAGATCAAGAAAGATAGCAATAGCAACAAACAAGATCTTCATACAACATCTCGCCTGGATGGCTTGTAGAAGCGGTGAGGAGAAACCACGAGACATGGGATATTGCTTCTCCGACGCTTCCTCCGCCGGAAAC...
XM_057944065.1
GGTGTATTATATATAACACTTTGCATTGACCCACTTCTTCTTTTAGAGAGAGAGGAGGATCAAATGATGAATGTGGGTTGTAGGTCATGATCAAAAACCTATCTGATGATTTTTTATTTTTTTTCACTTTTTTATTTCTTGTATATATCTTGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAACATACACACTATCTTCCTTCCTAGGTTTGGTTTCATAGGTTGCAGTTTATTGTTGGGTTATTAAGAGAACAATTCAGAGAAACAATAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015624
ATGGCTTGTAGAAGCGGTGAGGAGAAACCACGAGACATGGGATATTGCTTCTCCGACGCTTCCTCCGCCGGAAACCACCAAAACATCTTAGTCACTCATCTGCAAAGCTTCGAGCCGGCGCCGGAGATCTACAACCTGGCCGCCGGCCTCGACATGATAGGGTTTCAACCGAAGAATTTACACCCCGAAGCCGGCGCCGGCGGCTTCGGCCTCACGGCCATTTCCGGTTCCACAATGGTCTCGCCGGACTCATCGTCGGC...
LOC131015624
ATGGCTTGTAGAAGCGGTGAGGAGAAACCACGAGACATGGGATATTGCTTCTCCGACGCTTCCTCCGCCGGAAACCACCAAAACATCTTAGTCACTCATCTGCAAAGCTTCGAGCCGGCGCCGGAGATCTACAACCTGGCCGCCGGCCTCGACATGATAGGGTTTCAACCGAAGAATTTACACCCCGAAGCCGGCGCCGGCGGCTTCGGCCTCACGGCCATTTCCGGTTCCACAATGGTCTCGCCGGACTCATCGTCGGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800046.1
MACRSGEEKPRDMGYCFSDASSAGNHQNILVTHLQSFEPAPEIYNLAAGLDMIGFQPKNLHPEAGAGGFGLTAISGSTMVSPDSSSAWNNHHHHQNRSSLIVDDPSLRCVFTCEGNERPSQGLSLSLNSSNPSSIGLQSFELRQHEDLSRFGPSSSRSVNFEQPPPQVMQEYSHVKNSKYLGPAQELLSEFCNLGINQHDGSVQRMKAAQKSGESDDDKKQPLLFSLDLLELQRRKTKLLQMLDEVDRRYKHYCDQMKGV...
XP_057800047.1
MACRSGEEKPRDMGYCFSDASSAGNHQNILVTHLQSFEPAPEIYNLAAGLDMIGFQPKNLHPEAGAGGFGLTAISGSTMVSPDSSSAWNNHHHHQNRSSLIVDDPSLRCVFTCEGNERPSQGLSLSLNSSNPSSIGLQSFELRQHEDLSRFGPSSSRSVNFEQPPPQVMQEYSHVKNSKYLGPAQELLSEFCNLGINQHDGSVQRMKAAQKSGESDDDKKQPLLFSLDLLELQRRKTKLLQMLDEVDRRYKHYCDQMKGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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