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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001752

染色体: Chr03 坐标: 23748316-23750116 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001752
名称SmilChr03G001752
描述uncharacterized SmilChr03G001752
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向23748316 - 23750116 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015671
GeneID131015671
locus_tag-
NCBI NameLOC131015671
原始查询LOC131015671

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015671

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800073.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800073.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800073.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800073.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800073.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:23748408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:23748440 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 41 A10,A22,A3,A6,A7,B101,B104,B105,B108,B109,B115,B117,B133,B135,B19,B20,B22,B23,B36,B40,B48,B53,B58,B65,B66,B8,B80,B83,B93,B97,C1,C31,C34,C42,C59,C6,C63,C67,D10,D5,D6
Chr3:23748646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,C13,C25,C5
Chr3:23748728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:23748794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:23748828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr3:23748876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B53
Chr3:23749127 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 95 A16,A18,A19,A5,B10,B100,B103,B104,B107,B109,B11,B112,B118,B120,B125,B127,B128,B13,B131,B132,B134,B135,B137,B14,B140,B15,B16,B19,B2,B22,B27,B29,B3,B35,B37,B4,B44,B48,B5,B50,B54,B56,B58,B6,B60,B62,B65,B69,B7,B70,B71,B73,B74,B76,B78,B79,B81,B82,B94,B96,B97,C11,C15,C18,C2,C23,C24,C26,C29,C31,C33,C34,C35,C38,C40,C43,C44,C49,C50,C52,C55,C57,C61,C63,C69,C71,C73,C75,C77,C78,C79,C8,D1,D11,D9
Chr3:23749171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr3:23749198 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B85
Chr3:23749198 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B85
Chr3:23750021 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B1,B33,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944090.1
TAATCGCGGTCGCACCCATAAGCACTCTCCACATATAGCAAGCTTAAAAATCATATCTTTTCATTCCCTTCTTGAGTGAAAATGCTTGAAATAAATGAAGATTGAGAGCCTTCATCTTCTCAATAAAATAGGGAGGAGCCAGAGAATAATGTTGATAATGAACCAAGACGAAGGATTTCACCGGCGATGGGAGCTGCGGAGGGGCAACGTTGATGAAGACTCTTCAAGCGATGACGATGAAGGATCAAAAAAGATAGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015671
ATGAAGATTGAGAGCCTTCATCTTCTCAATAAAATAGGGAGGAGCCAGAGAATAATGTTGATAATGAACCAAGACGAAGGATTTCACCGGCGATGGGAGCTGCGGAGGGGCAACGTTGATGAAGACTCTTCAAGCGATGACGATGAAGGATCAAAAAAGATAGTCACCGATTTGGTCTTGTTTGAAAACGACGAAGCATGTAATGATGATGATACACGAAGCCACGACCATGTTGATGAGAAGCTTCATATCCCTAGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800073.1
MKIESLHLLNKIGRSQRIMLIMNQDEGFHRRWELRRGNVDEDSSSDDDEGSKKIVTDLVLFENDEACNDDDTRSHDHVDEKLHIPSGIGTKNVKADEEKKLKPSKKKRVATKKKLHRVNEKKMSKDLKIFADSLVRELAAAQESMFARMRDEMRELVASESNKKNGRRLEKKVCAKIGTSHLQDQRNSINLINDHFPFMDSHSSSASRVEFCKLMAQEKSLSHRFAELKQHEQYGGFSLNYHKAWGLYGESRGIGFPAPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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