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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000001

染色体: Chr03 坐标: 40523-42621 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000001
名称SmilChr03G000001
描述importin subunit alpha-4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40523 - 42621 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015719
GeneID131015719
locus_tag-
NCBI NameLOC131015719
原始查询LOC131015719

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述importin subunit alpha-4-like
产物importin subunit alpha-4-like
ArabidopsisAT1G09270 (IMPA-4)
importin alpha isoform 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837448]
identity=40.7; qcov=0.511; evalue=1.97e-15; confidence=low
RiceOs01g0253300 (rImpa1a)
-
identity=36.8; qcov=0.615; evalue=2.05e-12; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006607 (NLS-bearing protein import into nucleus); GO:0008139 (nuclear localization sequence binding); GO:0061608 (nuclear import signal receptor activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015719

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057800123.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057800123.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057800123.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800123.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800123.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B23
Chr3:40752 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A13,A25,A4,B121,B128,B130,B25,B50,B63,B73,B91,B93,C10,C29,C50,C51,C71,D8
Chr3:40803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:40822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:40851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C72
Chr3:41042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B23,C18,C2,C78
Chr3:41053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:41272 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 34 B1,B128,B130,B132,B140,B18,B29,B32,B34,B37,B38,B39,B5,B70,B8,B83,B85,B89,B90,C13,C16,C21,C26,C28,C35,C38,C49,C59,C63,C66,C77,C79,D6,D7
Chr3:41579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,C87
Chr3:41630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:41663 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 3 A11,B1,C71
Chr3:41663 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 3 A11,B1,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944140.1
ATGTTGCTGCCTGGCCGTGGCGTGGCGATGCCGTTGATCAGATCCGCGCCGCAGCAGCTGCAGCAGCGGAGGAGTTGCCGCTGCTGTTTGACGGAAATGAAGAACAGAGATTTACTTTCAACACTTCTCACTTTGTCTGAAAAGCATAACAACAGCCTTTCTTTTCTGAGAATTGCTACCCGGACTCTGACTAATATCTTTGAGACTCTCACTAATATCTCTGGGGGAGCACCTAAAGTTCCATTGGAGCAGGTTCTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015719
ATGTTGCTGCCTGGCCGTGGCGTGGCGATGCCGTTGATCAGATCCGCGCCGCAGCAGCTGCAGCAGCGGAGGAGTTGCCGCTGCTGTTTGACGGAAATGAAGAACAGAGATTTACTTTCAACACTTCTCACTTTGTCTGAAAAGCATAACAACAGCCTTTCTTTTCTGAGAATTGCTACCCGGACTCTGACTAATATCTTTGAGACTCTCACTAATATCTCTGGGGGAGCACCTAAAGTTCCATTGGAGCAGGTTCTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800123.1
MLLPGRGVAMPLIRSAPQQLQQRRSCRCCLTEMKNRDLLSTLLTLSEKHNNSLSFLRIATRTLTNIFETLTNISGGAPKVPLEQVLFAIRTFKSLLDLKDEEVLKEACWALFYISHYKNGIETTMYKDEDVCFKLAYLFDHAPLIVLFPALRAITSIVLGAYWNMDRRVLLLRGLCVGAMMRKDIQPFFKKDKRCHDQFAFEMQNFNPSFRKAVWLPHSEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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