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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000003

染色体: Chr03 坐标: 46777-47938 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000003
名称SmilChr03G000003
描述importin subunit alpha-1a-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46777 - 47938 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015720
GeneID131015720
locus_tag-
NCBI NameLOC131015720
原始查询LOC131015720

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述importin subunit alpha-1a-like
产物importin subunit alpha-1a-like
ArabidopsisAT3G06720 (IMPA-1)
importin alpha isoform 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819857]
identity=44.2; qcov=0.995; evalue=2.24e-40; confidence=medium
RiceOs01g0253300 (rImpa1a)
-
identity=45; qcov=0.99; evalue=1.48e-41; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006607 (NLS-bearing protein import into nucleus); GO:0008139 (nuclear localization sequence binding); GO:0061608 (nuclear import signal receptor activity)
KEGG-
PfamPF00514 (Arm)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015720

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800124.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057800124.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057800124.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800124.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800124.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:47719 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B11,C64
Chr3:47719 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B11,C64
Chr3:47738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr3:47784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,D4
Chr3:47837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B129,B8,C61,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800124.1
191 aa
N
1
96
191
Arm
Arm
C
PF00514 Arm 82-122 aa PF00514 Arm 123-162 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800124.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 82 122 8.9e-21 73.9 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057800124.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 123 162 8.9e-21 73.9 Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944141.1
GCCTCTTTAGAATGTAGAGTATAAAAGTAGAAAACCATTTTTCGTATTTCTCCCAACAAAAACTCCCCCCTCCTACTTCTCTCTTGTCTGAGCAATGGCACCACTACGACGGAGCAAAAGGCTGAAGGCGAAGGCGACGTCGACGTCGGAGGTTGATCGTTTCTACACTCGCGAGAAGAAGCCCCGTGACCGTGAACCCCCCTCACGATTGCCTTCTGCTGCTGATAGGGATTTAGATTTACAATTAGTGATGTCTGGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015720
ATGGCACCACTACGACGGAGCAAAAGGCTGAAGGCGAAGGCGACGTCGACGTCGGAGGTTGATCGTTTCTACACTCGCGAGAAGAAGCCCCGTGACCGTGAACCCCCCTCACGATTGCCTTCTGCTGCTGATAGGGATTTAGATTTACAATTAGTGATGTCTGGTATCCTTTCTGATGATAGCAAGTTGCAGCTTGATTCTACTACGCAATTGCTAAATTTAGTTTCTGTTGAAGACAACCCTAACCCTATGATTGATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800124.1
MAPLRRSKRLKAKATSTSEVDRFYTREKKPRDREPPSRLPSAADRDLDLQLVMSGILSDDSKLQLDSTTQLLNLVSVEDNPNPMIDQVVQLGAVPRFVEFLKRDDYPQLQFKAILVLKNIAAANTQVVINSGAVPVFVKLLESSSHDLQTCEQVAWSLGNIAGESFSCCDVVLNCGALRPLLVKTCYYHNA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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