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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000261

染色体: Chr01 坐标: 5056860-5057612 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000261
名称SmilChr01G000261
描述uncharacterized SmilChr01G000261
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向5056860 - 5057612 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015725
GeneID131015725
locus_tag-
NCBI NameLOC131015725
原始查询LOC131015725

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015725

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800130.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800130.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800130.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800130.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800130.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:5056877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr1:5056926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C20,C87
Chr1:5056948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B29,B97
Chr1:5056962 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A16,B109,B11,B29,B48,B60,B83,B84,B85,C29,C38,C53,D3,D5
Chr1:5056968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B76
Chr1:5056986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:5056987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B29,B60
Chr1:5056997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B29,B60
Chr1:5057118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:5057138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B134,C65
Chr1:5057154 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B12,B55
Chr1:5057162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B15,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944147.1
TTTCCTGTTTGTCGAATGATGAAGTATTATACAATTTGCGTGGACATGAGAAAAGAAAAGGTTTACGTCTTGGACAACCAGAATGAATCAATAGAACACTGTCAGGCTGCAAAATATTTGTCGGCGGCTGAACTACTGAAGAATATGCTCGCAGATTATATGGCCCACAAACACCATATACATAGAAGCAATGTTGTGAAGAGAACTAAGTTAACAGTTGTGAACATAAAGTGGGGTGATGCTAAGAATATAAACGACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015725
ATGATGAAGTATTATACAATTTGCGTGGACATGAGAAAAGAAAAGGTTTACGTCTTGGACAACCAGAATGAATCAATAGAACACTGTCAGGCTGCAAAATATTTGTCGGCGGCTGAACTACTGAAGAATATGCTCGCAGATTATATGGCCCACAAACACCATATACATAGAAGCAATGTTGTGAAGAGAACTAAGTTAACAGTTGTGAACATAAAGTGGGGTGATGCTAAGAATATAAACGACACAGGTGTTTACATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800130.1
MMKYYTICVDMRKEKVYVLDNQNESIEHCQAAKYLSAAELLKNMLADYMAHKHHIHRSNVVKRTKLTVVNIKWGDAKNINDTGVYMMRHMETFMGEATSLWACGLAPKLRKQLNLLRVRYCATLVMWDKNSIHEAMESSAKLDFESLVKVENSNLDITLLGK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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