当前解析结果
SmilChr03G000025| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000025 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000025 |
| 描述 | uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 368414 - 368929 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015727 |
|---|---|
| GeneID | 131015727 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015727 |
| 原始查询 | LOC131015727 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | ATMG00810- identity=38.2; qcov=1.04; evalue=5.31e-38; confidence=medium |
| Rice | Os08g0125300- identity=47.3; qcov=0.988; evalue=1.26e-48; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015727 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057800129.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057800129.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800129.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800129.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057800129.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:368469 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 33 | A19,A3,A7,A8,A9,B102,B120,B18,B2,B20,B24,B26,B30,B31,B35,B47,B48,B49,B57,B6,B78,B94,B98,C22,C24,C27,C28,C30,C34,C45,C79,C8,C86 |
Chr3:368601 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B7,D3 |
Chr3:368624 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B91,C66 |
Chr3:368631 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B91,C66 |
Chr3:368632 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr3:368639 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B1,B91,C66 |
Chr3:368639 |
C |
CAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B1,B91,C66 |
Chr3:368647 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B85,C36 |
Chr3:368653 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B85,C36 |
Chr3:368658 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B85,C36 |
Chr3:368701 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B85,C36 |
Chr3:368701 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B85,C36 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。