Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000173`

染色体: Chr03 坐标: 1899956-1900505 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000173`
名称	SmilChr03G000173
描述	disease resistance protein RPP13-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	1899956 - 1900505 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015767`
GeneID	`131015767`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015767`
原始查询	`LOC131015767`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	disease resistance protein RPP13-like
产物	disease resistance protein RPP13-like
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=36.7; qcov=0.889; evalue=8.62e-21; confidence=medium
Rice	`Os11g0633500` - identity=32.3; qcov=0.861; evalue=6.78e-21; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0050832 (defense response to fungus)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF13401 (AAA_22)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015767

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057800176.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057800176.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057800176.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800176.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800176.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:1900021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr3:1900023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800176.1

144 aa

144

NB-ARC

AAA_22

PF00931 NB-ARC 7-127 aa PF13401 AAA_22 22-114 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800176.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	7	127	1e-29	104.1	NB-ARC domain
`XP_057800176.1`	Pfam	`PF13401`	AAA_22	Domain	22	114	5.6e-06	27.4	AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944193.1
ATGGTGGTGTGGTCTGAGGGTGTCGTGAATGGAATCTTGGAAAGGCTCTTTTCGGACCAACGCGAGCGCCAATGCATCCCGATCACAGGAATGGGCGGGATAGGTAAGACCACTCTTGCCAAAACTGTTTATTCGAAGAAAATTATTGAGCAGCGTTTTGATGTTTGTGCTTGGGCTACTATTTCTCAACAATACAACACAAGGGGAATTCTTTGTGAACTTGTTTCTGAAGCCACTAAAAAATGCAAGGAACAACTTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015767
ATGGTGGTGTGGTCTGAGGGTGTCGTGAATGGAATCTTGGAAAGGCTCTTTTCGGACCAACGCGAGCGCCAATGCATCCCGATCACAGGAATGGGCGGGATAGGTAAGACCACTCTTGCCAAAACTGTTTATTCGAAGAAAATTATTGAGCAGCGTTTTGATGTTTGTGCTTGGGCTACTATTTCTCAACAATACAACACAAGGGGAATTCTTTGTGAACTTGTTTCTGAAGCCACTAAAAAATGCAAGGAACAACTTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800176.1
MVVWSEGVVNGILERLFSDQRERQCIPITGMGGIGKTTLAKTVYSKKIIEQRFDVCAWATISQQYNTRGILCELVSEATKKCKEQLSEKSEDELGLELHQYLSGRRFLVVMDDMWSIEAWDRMRLEAGNSSQKLCLGLEVALMS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器