Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000223`

染色体: Chr03 坐标: 2610579-2611193 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000223`
名称	SmilChr03G000223
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	2610579 - 2611193 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015775`
GeneID	`131015775`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015775`
原始查询	`LOC131015775`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
产物	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
Arabidopsis	`AT3G23880` (AT3G23880) F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821971] identity=24.7; qcov=1.07; evalue=9.55e-08; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057800183.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057800183.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057800183.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057800183.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800183.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:2610583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,C72,D2
`Chr3:2610618`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B85,C33,C63,C64,C66,D5
`Chr3:2610631`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B12,C87
`Chr3:2610631`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B12,C87
`Chr3:2610672`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	121	A11,A15,A16,A19,A22,A6,A9,B1,B102,B105,B11,B111,B114,B119,B12,B120,B121,B123,B124,B125,B129,B130,B131,B132,B136,B137,B15,B19,B20,B22,B25,B28,B29,B3,B32,B34,B36,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B46,B47,B49,B5,B52,B55,B56,B6,B61,B62,B63,B64,B69,B71,B72,B75,B79,B81,B83,B84,B85,B88,B90,B91,B92,B94,B98,C1,C11,C14,C16,C18,C2,C21,C22,C24,C28,C3,C31,C32,C33,C34,C36,C37,C39,C4,C40,C44,C45,C47,C49,C5,C54,C55,C59,C6,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C70,C74,C78,C79,C8,C80,C84,C86,C87,D1,D11,D3,D4
`Chr3:2610684`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	168	A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A22,A4,A9,B1,B100,B101,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B119,B121,B122,B126,B128,B129,B13,B132,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B27,B29,B30,B31,B34,B35,B36,B37,B38,B4,B40,B41,B42,B45,B46,B48,B49,B5,B50,B54,B57,B6,B60,B61,B63,B64,B68,B69,B70,B71,B72,B74,B76,B77,B80,B81,B85,B88,B89,B9,B91,B92,B93,B94,B95,B98,B99,C1,C11,C12,C13,C14,C15,C17,C21,C22,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C41,C42,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C55,C56,C57,C58,C59,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C69,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr3:2610698`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr3:2610700`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	A18,A5,B104,B3,B44,B54,B57,B62,B7,B88,C34,C47,C53,C86
`Chr3:2610706`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B13,D7
`Chr3:2610732`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B93,C53
`Chr3:2610771`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B17,B27,C50,C63
`Chr3:2610784`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	49	A11,A6,A8,B1,B109,B11,B114,B12,B126,B13,B131,B14,B2,B21,B22,B25,B29,B32,B42,B43,B44,B5,B6,B61,B63,B64,B66,B76,B79,B83,B84,B85,B86,B91,C2,C20,C21,C28,C32,C35,C39,C40,C49,C54,C57,C68,C76,C84,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800183.1

204 aa

102

204

FBA_1

FBA_3

PF07734 FBA_1 2-171 aa PF08268 FBA_3 11-138 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800183.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	2	171	2.6e-12	47.1	F-box associated beta propeller domain
`XP_057800183.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	11	138	1.2e-06	28.6	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944200.1
ATGGCTTTGGGGTTCGGTTGGGTTGAATCGAGTGATGAGTACAAGTTGTTTGTTCGTGTTGGTGATTTTGATTATTACCTGCACGAGATGAAATGGGTTTACAAAGTTTATAGTTCAAGGACAAAATCATGGAAAACAAGTGAGCACTGTGCAGATTTAGATTCACATTATGTATGGGGGATATTTGCAGGTGGGAAGCTTTACTGGAAGAATCACGGAGATAAAGAGATAGATATTATTTTCTTGGACTTGAAGAGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015775
ATGGCTTTGGGGTTCGGTTGGGTTGAATCGAGTGATGAGTACAAGTTGTTTGTTCGTGTTGGTGATTTTGATTATTACCTGCACGAGATGAAATGGGTTTACAAAGTTTATAGTTCAAGGACAAAATCATGGAAAACAAGTGAGCACTGTGCAGATTTAGATTCACATTATGTATGGGGGATATTTGCAGGTGGGAAGCTTTACTGGAAGAATCACGGAGATAAAGAGATAGATATTATTTTCTTGGACTTGAAGAGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800183.1
MALGFGWVESSDEYKLFVRVGDFDYYLHEMKWVYKVYSSRTKSWKTSEHCADLDSHYVWGIFAGGKLYWKNHGDKEIDIIFLDLKSEVFGRIELPFDHEFCKKEHWAVGLLGGLLCVLCYIGSSTEVFGVWVMKEAWKRVATFANLVELLQPAPLVVGLNGEILVNCESILLVYDRQDNVFRCHETYYYSPHVFVESLVSPEDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器