当前解析结果
SmilChr03G000227| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000227 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000227 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 2714835 - 2716265 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015780 |
|---|---|
| GeneID | 131015780 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015780 |
| 原始查询 | LOC131015780 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| Arabidopsis | AT1G56670 (AT1G56670)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122] identity=42.4; qcov=1.1; evalue=1.44e-94; confidence=medium |
| Rice | Os01g0329900 (OsGELP14)- identity=40.4; qcov=1; evalue=1.57e-79; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015780 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057800187.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057800187.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800187.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800187.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800187.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:2714932 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 12 | A10,A14,A3,A5,B106,B122,B27,B72,B83,C13,C6,C73 |
Chr3:2715006 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,C58,C65 |
Chr3:2715028 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 20 | B115,B130,B132,B15,B20,B34,B39,B49,B6,B76,B89,B90,B92,C1,C19,C37,C56,C67,C83,D6 |
Chr3:2715032 |
AGC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 20 | B115,B130,B132,B15,B20,B34,B39,B49,B6,B76,B89,B90,B92,C1,C19,C37,C56,C67,C83,D6 |
Chr3:2715090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B103,B71,C55,D8 |
Chr3:2715190 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,B132 |
Chr3:2715206 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B70 |
Chr3:2715215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,A24,B46,C61,C87 |
Chr3:2715217 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr3:2715259 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B54,B86 |
Chr3:2715269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C87 |
Chr3:2715274 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B34,B8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800187.1PF00657
Lipase_GDSL 35-316 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800187.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 35 | 316 | 1.7e-38 | 133.6 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。