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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002635`

染色体: Chr03 坐标: 41916624-41920663 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002635`
名称	SmilChr03G002635
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHG1A
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	41916624 - 41920663 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015826`
GeneID	`131015826`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015826`
原始查询	`LOC131015826`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHG1A
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHG1A
Arabidopsis	`AT5G45290` (AT5G45290) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834565] identity=50.6; qcov=0.196; evalue=6.04e-14; confidence=weak
Rice	`Os02g0798600` - identity=44.5; qcov=0.495; evalue=1.03e-40; confidence=medium
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015826

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057800246.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057800245.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800245.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800245.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800245.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:41916825`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B66
`Chr3:41917537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B29,C14,C20,C72
`Chr3:41917814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B48
`Chr3:41918198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr3:41919668`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B29,C14,C20,C72
`Chr3:41920246`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr3:41920450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr3:41920488`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B126,B62,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800245.1

505 aa

252

505

zf-rbx1

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF12678 zf-rbx1 439-485 aa PF17123 zf-RING_11 442-470 aa PF13923 zf-C3HC4_2 442-484 aa PF13639 zf-RING_2 442-485 aa PF00097 zf-C3HC4 443-484 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800245.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	439	485	5.2e-09	36.9	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057800245.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	442	470	1.8e-10	41.0	RING-like zinc finger
`XP_057800245.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	442	484	1.7e-08	34.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057800245.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	442	485	1.2e-14	55.0	Ring finger domain
`XP_057800245.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	443	484	6.2e-10	39.5	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944262.1
AGTTGTTAAGTTGTGATTTGTTGGTTGTATGGGGCCCACCCAACACGTTAACCTGCCAACCTCTGACCGCTCACTACATTGCTTTCCTGCATCATCATCTTCTCCCAAACCACAAATTCTCTCGTTTCCGAGCAACAAGCTTCATGGGTTGGAGCAGCAATCATCATCTTCATCCTAAATCCTCAAACTCTCGTGACTCCAGGCTCCGCCGCACAAAGCGCAAACTCTCGCATATCTTTTGTGGCGCTTTCCGTTCCAAG...

XM_057944263.1
ACACGTTAACCTGCCAACCTCTGACCGCTCACTACATTGCTTTCCTGCATCATCATCTTCTCCCAAACCACAAATTCTCTCGTTTCCGAGCAACAAGCTTCATGGGTTGGAGCAGCAATCATCATCTTCATCCTAAATCCTCAAACTCTCGTGACTCCAGGCTCCGCCGCACAAAGCGCAAACTCTCGCATATCTTTTGTGGCGCTTTCCGTTCCAAGTCAACCCTTCCGGAGCTGGGAGATGGCCCAGAGATAACTTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131015826
ATGGGTTGGAGCAGCAATCATCATCTTCATCCTAAATCCTCAAACTCTCGTGACTCCAGGCTCCGCCGCACAAAGCGCAAACTCTCGCATATCTTTTGTGGCGCTTTCCGTTCCAAGTCAACCCTTCCGGAGCTGGGAGATGGCCCAGAGATAACTTCAATTAGCTATGCTGAAAGCTTAGCTCCTGTTGATGCTCAAAACTCGACCTTAGAATCCTCTTCTGTTTTCAAGTCAGAAGCAGGGGACACAGTATCCGTATG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057800245.1
MGWSSNHHLHPKSSNSRDSRLRRTKRKLSHIFCGAFRSKSTLPELGDGPEITSISYAESLAPVDAQNSTLESSSVFKSEAGDTVSVCENGDSSERSSNTDPESGPFNVQSSRDLKTLPQQPAQESVSGNATNCIAAVIHDPDTITEDTASICPVHDQSQGLTVPHAHSNDIVEYSRNAAVGYNSSDSRSLSIVSDSLPRFEYPGDDRAHVSTTSSSGFLVSDSDQNLINGDLLRLDLVSISSNSLSGSIAEISSHETRRN...

XP_057800246.1
MGWSSNHHLHPKSSNSRDSRLRRTKRKLSHIFCGAFRSKSTLPELGDGPEITSISYAESLAPVDAQNSTLESSSVFKSEAGDTVSVCENGDSSERSSNTDPESGPFNVQSSRDLKTLPQQPAQESVSGNATNCIAAVIHDPDTITEDTASICPVHDQSQGLTVPHAHSNDIVEYSRNAAVGYNSSDSRSLSIVSDSLPRFEYPGDDRAHVSTTSSSGFLVSDSDQNLINGDLLRLDLVSISSNSLSGSIAEISSHETRRN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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