当前解析结果
SmilChr03G002639| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002639 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002639 |
| 描述 | putative invertase inhibitor |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 41968482 - 41969118 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015829 |
|---|---|
| GeneID | 131015829 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015829 |
| 原始查询 | LOC131015829 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative invertase inhibitor |
| 产物 | putative invertase inhibitor |
| Arabidopsis | AT5G38610 (AT5G38610)Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833851] identity=32.4; qcov=0.946; evalue=7.49e-20; confidence=low |
| Rice | Os02g0103200- identity=33.3; qcov=0.855; evalue=2.84e-21; confidence=low |
| GO | GO:0004857 (enzyme inhibitor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04043 (PMEI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015829 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057800249.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057800249.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800249.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800249.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800249.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:41968598 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr3:41968681 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B135 |
Chr3:41968718 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr3:41968762 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C53,D2 |
Chr3:41968918 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B29,B81,B91,C4 |
Chr3:41968931 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B28,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800249.1PF04043
PMEI 28-177 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800249.1 |
Pfam | PF04043 |
PMEI | Domain | 28 | 177 | 6.4e-23 | 82.3 | Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。