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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002640

染色体: Chr03 坐标: 41969327-41971920 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002640
名称SmilChr03G002640
描述acyl carrier protein 1, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向41969327 - 41971920 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015830
GeneID131015830
locus_tag-
NCBI NameLOC131015830
原始查询LOC131015830

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acyl carrier protein 1, mitochondrial
产物acyl carrier protein 1%2C mitochondrial
ArabidopsisAT2G44620 (MTACP-1)
mitochondrial acyl carrier protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819070]
identity=75.4; qcov=1.02; evalue=4.11e-59; confidence=high
RiceOs07g0222800 (P0592C06.130)
-
identity=62.1; qcov=1.11; evalue=4.24e-46; confidence=medium
GOGO:0000035 (acyl binding); GO:0000036 (acyl carrier activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGGsmil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00550 (PP-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015830

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057800250.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057800250.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057800250.1
4 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.60000 XP_057800250.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800250.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800250.1
119 aa
N
1
60
119
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 46-99 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800250.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 46 99 2.6e-09 37.9 Phosphopantetheine attachment site

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944267.1
TTTTTCAAAAAAAAGTTTGAAAATTTGAAATAAATAAATCCAACAAAACACCGAGAATAGCCCTGAAGCTGAGCCCCCAATCTAATTTAGTGCCTCCACTCCAAATCCCCCTTCCAACTTGAAACCTCAATACTAAGCATTCACAGAAAATGGCGTCGGCGTTGAGATCCGCCATTCTCCGCCACATTCGGGTCCCCGTACCCCTAAACGGATCCCGTCTCGCGCCCCTTCGCTTAATGTCGTCCCACGGCGACGATCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015830
ATGGCGTCGGCGTTGAGATCCGCCATTCTCCGCCACATTCGGGTCCCCGTACCCCTAAACGGATCCCGTCTCGCGCCCCTTCGCTTAATGTCGTCCCACGGCGACGATCACCTCGACAAGCAGGCAGTTATCGACCGAGTTCTCGACGTCGTCAAGTGCTTCCCCAAAGTCGATCCATCCAAGGTGACTCCTGATGTTCATTTTCAAAAGGATTTGGGCCTGGATAGCTTAGACAATGTGGAGATTGTGATGGCTCTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800250.1
MASALRSAILRHIRVPVPLNGSRLAPLRLMSSHGDDHLDKQAVIDRVLDVVKCFPKVDPSKVTPDVHFQKDLGLDSLDNVEIVMALEEEFKLEIPDKEADKIDSCQLAIEYIHNHPMAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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