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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002653

染色体: Chr03 坐标: 42182615-42186970 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002653
名称SmilChr03G002653
描述UMP-CMP kinase 3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向42182615 - 42186970 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015842
GeneID131015842
locus_tag-
NCBI NameLOC131015842
原始查询LOC131015842

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UMP-CMP kinase 3-like
产物UMP-CMP kinase 3-like
ArabidopsisAT5G26667 (PYR6)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832710]
identity=76.4; qcov=0.819; evalue=2.08e-75; confidence=high
RiceOs02g0778400
-
identity=77.4; qcov=0.778; evalue=1.96e-70; confidence=high
GOGO:0004127 (GO:0004127); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006207 ('de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process); GO:0006225 (UDP biosynthetic process); GO:0033862 (UMP kinase activity); GO:0046705 (CDP biosynthetic process)
KEGGsmil00240 (Pyrimidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00406 (ADK); PF13207 (AAA_17); PF13238 (AAA_18); PF13671 (AAA_33)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015842

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057800264.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057800269.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800264.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800264.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800264.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:42186123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800264.1
240 aa
N
1
120
240
AAA_33
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13671 AAA_33 24-152 aa PF13238 AAA_18 25-150 aa PF00406 ADK 27-179 aa PF13207 AAA_17 28-158 aa
XP_057800265.1
240 aa
N
1
120
240
AAA_33
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13671 AAA_33 24-152 aa PF13238 AAA_18 25-150 aa PF00406 ADK 27-179 aa PF13207 AAA_17 28-158 aa
XP_057800266.1
216 aa
N
1
108
216
AAA_33
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13671 AAA_33 24-152 aa PF13238 AAA_18 25-150 aa PF00406 ADK 27-179 aa PF13207 AAA_17 28-158 aa
XP_057800267.1
209 aa
N
1
104
209
AAA_33
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13671 AAA_33 24-152 aa PF13238 AAA_18 25-150 aa PF00406 ADK 27-179 aa PF13207 AAA_17 28-158 aa
XP_057800268.1
209 aa
N
1
104
209
AAA_33
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13671 AAA_33 24-152 aa PF13238 AAA_18 25-150 aa PF00406 ADK 27-179 aa PF13207 AAA_17 28-158 aa
XP_057800269.1
171 aa
N
1
86
171
ADK
AAA_17
C
PF00406 ADK 1-110 aa PF13207 AAA_17 4-89 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800264.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 24 152 4.6e-07 30.9 AAA domain
XP_057800264.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 25 150 8.2e-08 33.5 AAA domain
XP_057800264.1 Pfam PF00406 ADK Domain 27 179 3e-48 164.5 Adenylate kinase
XP_057800264.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 28 158 2.1e-36 125.9 AAA domain
XP_057800265.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 24 152 4.6e-07 30.9 AAA domain
XP_057800265.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 25 150 8.2e-08 33.5 AAA domain
XP_057800265.1 Pfam PF00406 ADK Domain 27 179 3e-48 164.5 Adenylate kinase
XP_057800265.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 28 158 2.1e-36 125.9 AAA domain
XP_057800266.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 24 152 3.5e-07 31.3 AAA domain
XP_057800266.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 25 150 7.4e-08 33.7 AAA domain
XP_057800266.1 Pfam PF00406 ADK Domain 27 179 2.2e-48 164.9 Adenylate kinase
XP_057800266.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 28 158 1.7e-36 126.2 AAA domain
XP_057800267.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 24 152 3.1e-07 31.5 AAA domain
XP_057800267.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 25 150 6.8e-08 33.8 AAA domain
XP_057800267.1 Pfam PF00406 ADK Domain 27 179 2e-48 165.1 Adenylate kinase
XP_057800267.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 28 158 1.6e-36 126.3 AAA domain
XP_057800268.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 24 152 3.1e-07 31.5 AAA domain
XP_057800268.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 25 150 6.8e-08 33.8 AAA domain
XP_057800268.1 Pfam PF00406 ADK Domain 27 179 2e-48 165.1 Adenylate kinase
XP_057800268.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 28 158 1.6e-36 126.3 AAA domain
XP_057800269.1 Pfam PF00406 ADK Domain 1 110 3.5e-25 89.6 Adenylate kinase
XP_057800269.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 4 89 1e-15 59.0 AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944282.1
AAATAAAAAAGGAAAATTTGAAAAACAGAAAATCAATACCTCTCTCTCTATAAATACGGAACATATTGATTTTTGCTTCTTGTCTCCTTCGTAAGTCTCCACTTCTCCACAAGTTTCCCTCGCTCTTGGCATCTTGTCTTGCACGACAATCAGATACTTCTGAGGCATGGAGACTATTGCTGATGCTCCAAACAAGGAAGTAAAAGGGAGCTCACCCCCAGATAAGAAGCTCACTGTGGTTTTTGTTCTAGGTGGCCCTG...
XM_057944283.1
TTTGAAAAACAGAAAATCAATACCTCTCTCTCTATAAATACGGAACATATTGATTTTTGCTTCTTGTCTCCTTCGTAAGTCTCCACTTCTCCACAAGTTTCCCTCGCTCTTGGCATCTTGTCTTGCACGACAATCAGATACTTCTGAGGCATGGAGACTATTGCTGATGCTCCAAACAAGGAAGTAAAAGGGAGCTCACCCCCAGATAAGAAGCTCACTGTGGTTTTTGTTCTAGGTGGCCCTGGCAGTGGTAAGGGCAC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131015842
ATGGAGACTATTGCTGATGCTCCAAACAAGGAAGTAAAAGGGAGCTCACCCCCAGATAAGAAGCTCACTGTGGTTTTTGTTCTAGGTGGCCCTGGCAGTGGTAAGGGCACTCAATGTGCAAATATTGTTCAACATTTTGGTTATACTCACCTTAGTGCTGGTGATCTTCTCCGAGCAGAGCAAAATTCTGGTTCTGAAAATGGGGCAATGATTAAGAACATGATTAAGGATGGGCAAATTGTACCCTCAGAGGTAACAAT...
LOC131015842
ATGGAGACTATTGCTGATGCTCCAAACAAGGAAGTAAAAGGGAGCTCACCCCCAGATAAGAAGCTCACTGTGGTTTTTGTTCTAGGTGGCCCTGGCAGTGGTAAGGGCACTCAATGTGCAAATATTGTTCAACATTTTGGTTATACTCACCTTAGTGCTGGTGATCTTCTCCGAGCAGAGCAAAATTCTGGTTCTGAAAATGGGGCAATGATTAAGAACATGATTAAGGATGGGCAAATTGTACCCTCAGAGGTAACAAT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057800264.1
METIADAPNKEVKGSSPPDKKLTVVFVLGGPGSGKGTQCANIVQHFGYTHLSAGDLLRAEQNSGSENGAMIKNMIKDGQIVPSEVTIKLLQRAMEESGNDKFLIDGFPRNEENRAAFESVTGIEPDFVLFFDCPEEEMEKRVLNRNQGRDDDNIVSIRKRFKVYINSSLPVIEYYNSKGKVRKIDASKPVEEVFEAVKEVFTSLDEKVRQHRDIFGRCIRRKKFRNGATKCSWMRCILPS
XP_057800265.1
METIADAPNKEVKGSSPPDKKLTVVFVLGGPGSGKGTQCANIVQHFGYTHLSAGDLLRAEQNSGSENGAMIKNMIKDGQIVPSEVTIKLLQRAMEESGNDKFLIDGFPRNEENRAAFESVTGIEPDFVLFFDCPEEEMEKRVLNRNQGRDDDNIVSIRKRFKVYINSSLPVIEYYNSKGKVRKIDASKPVEEVFEAVKEVFTSLDEKVRQHRDIFGRCIRRKKFRNGATKCSWMRCILPS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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