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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000285

染色体: Chr01 坐标: 5586929-5624536 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000285
名称SmilChr01G000285
描述uncharacterized SmilChr01G000285
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向5586929 - 5624536 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015846
GeneID131015846
locus_tag-
NCBI NameLOC131015846
原始查询LOC131015846

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0724600; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0724600; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT4G26600 (AT4G26600)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828767]
identity=42.7; qcov=0.436; evalue=3.58e-09; confidence=low
RiceOs02g0724600
-
identity=48; qcov=0.424; evalue=1.65e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF14111 (DUF4283)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015846

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057800275.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800400.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057800275.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057800401.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800400.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:5622671 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr1:5622671 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr1:5622745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,B98,C67,D3
Chr1:5622855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr1:5622998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C22,C67
Chr1:5623033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:5623040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr1:5623048 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 A2,B64,B99,C15,C20,C87
Chr1:5623378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr1:5623413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:5623881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:5623882 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B71,C4,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800275.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800280.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800288.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800294.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800303.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800309.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800320.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800331.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800336.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800344.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800350.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800361.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800369.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800377.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
XP_057800384.1
399 aa
N
1
200
399
DUF4283
C
PF14111 DUF4283 114-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800275.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800280.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800288.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800294.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800303.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800309.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800320.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800331.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800336.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800344.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800350.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800361.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800369.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800377.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)
XP_057800384.1 Pfam PF14111 DUF4283 Domain 114 193 1.3e-09 38.3 Domain of unknown function (DUF4283)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

39 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098783.1
AAAGGATCCACGATATTTTTAGGGTACTATCCGTTTTTGAGCTTTTGAAGGAAGAGAAACCGACATACAAGGATTATGTTAATCAGCTCGTGATGGATCTCATCACATATTCGCGGTACAATAAGTTTATGATTGAAGCTGTAATGGAGGTACACTTTTCTTTTATGTTTTCCTATTATTTTTGTGATGTTTTTCAATCTCAAATTGCATGATTGAAGAATTTACCATTCTGTTTAGATGCTGGGTATAATGGAAACTAA...
XR_009098779.1
AAAGGATCCACGATATTTTTAGGGTACTATCCGTTTTTGAGCTTTTGAAGGAAGAGAAACCGACATACAAGGATTATGTTAATCAGCTCGTGATGGATCTCATCACATATTCGCGGTACAATAAGTTTATGATTGAAGCTGTAATGGAGGTACACTTTTCTTTTATGTTTTCCTATTATTTTTGTGATGTTTTTCAATCTCAAATTGCATGATTGAAGAATTTACCATTCTGTTTAGATGCTGGGTATAATGGAAACTAA...

CDS

18 records

下载 CDS FASTA
LOC131015846
ATGGAACTTCAACGATCATACCGTGAAGTAATGATGAAGGATGTGGACGAAAATGGCCCAAATAAGGAGGATCCAATCACCGAAGTCGACGACCTCGAATGTTTTGACTCCCCTACAAGGGTGGTGAGACGTATTGAGCTTGGCAACCTTGGTGAGCATGAAAAAGACTTCTATATTGGCCTCCAAGATGAGTGGTTTGAATCCCCATGGGTAAGGAACTTGGGGAATTTCAACAACAAAGTTATCGTCAATCCTTCACT...
LOC131015846
ATGGAACTTCAACGATCATACCGTGAAGTAATGATGAAGGATGTGGACGAAAATGGCCCAAATAAGGAGGATCCAATCACCGAAGTCGACGACCTCGAATGTTTTGACTCCCCTACAAGGGTGGTGAGACGTATTGAGCTTGGCAACCTTGGTGAGCATGAAAAAGACTTCTATATTGGCCTCCAAGATGAGTGGTTTGAATCCCCATGGGTAAGGAACTTGGGGAATTTCAACAACAAAGTTATCGTCAATCCTTCACT...

Protein

18 records

下载 Protein FASTA
XP_057800275.1
MELQRSYREVMMKDVDENGPNKEDPITEVDDLECFDSPTRVVRRIELGNLGEHEKDFYIGLQDEWFESPWVRNLGNFNNKVIVNPSLLSLPKCEPLIVNDTLILDDKDYIATKHAWGFCLFGFIAGKLPKKERVSEFAKTWPVGCKISYHEEGWLVFAFESAEDRDRIYRGGHYAIEGSKLSLCHLPPDFTFDVSAINKYSAWGFLPNLPLELWNERAISKIASLNGTPISVDVKTFYKSDVTAARFQILVDATKPQAKK...
XP_057800280.1
MELQRSYREVMMKDVDENGPNKEDPITEVDDLECFDSPTRVVRRIELGNLGEHEKDFYIGLQDEWFESPWVRNLGNFNNKVIVNPSLLSLPKCEPLIVNDTLILDDKDYIATKHAWGFCLFGFIAGKLPKKERVSEFAKTWPVGCKISYHEEGWLVFAFESAEDRDRIYRGGHYAIEGSKLSLCHLPPDFTFDVSAINKYSAWGFLPNLPLELWNERAISKIASLNGTPISVDVKTFYKSDVTAARFQILVDATKPQAKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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