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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002678

染色体: Chr03 坐标: 42531654-42533869 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002678
名称SmilChr03G002678
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向42531654 - 42533869 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015863
GeneID131015863
locus_tag-
NCBI NameLOC131015863
原始查询LOC131015863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 4-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 4-like
ArabidopsisAT1G29000 (AT1G29000)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839774]
identity=44.4; qcov=1.23; evalue=6.19e-59; confidence=medium
RiceOs04g0590100
-
identity=32.4; qcov=0.938; evalue=3.63e-17; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00403 (HMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057800289.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057800289.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800289.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800289.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800289.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:42531727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr3:42531829 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 20 A23,A9,B23,B3,B32,B5,B57,B65,B67,B78,B97,C21,C32,C36,C43,C48,C61,C65,C68,D1
Chr3:42531831 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 20 A23,A9,B23,B3,B32,B5,B57,B65,B67,B78,B97,C21,C32,C36,C43,C48,C61,C65,C68,D1
Chr3:42532276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800289.1
224 aa
N
1
112
224
HMA
HMA
C
PF00403 HMA 18-67 aa PF00403 HMA 97-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800289.1 Pfam PF00403 HMA Domain 18 67 1.1e-20 74.5 Heavy-metal-associated domain
XP_057800289.1 Pfam PF00403 HMA Domain 97 149 1.1e-20 74.5 Heavy-metal-associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944306.1
TAGTTTCCAAATTTCTCATCGACTAAAACCTCAAACAATTTTAAGCCCATTTAGCTCTCTGTGTTTTGTTAATTTCTTGCTAGATACATGGCAAAAGAAGAGAAGAAAGTTGAAGTTATTATAGCGGTTTACAAAGCACATTTGCATTGCCCAAAATGTGCACACGACATTCAAAAACCTCTCTTAAAAATCCCGGGAGTTCATAAAGTTGAGGCAAAATATGAAAAGGGTGAGATCACAGTGAAGGGGACCATTGATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015863
ATGGCAAAAGAAGAGAAGAAAGTTGAAGTTATTATAGCGGTTTACAAAGCACATTTGCATTGCCCAAAATGTGCACACGACATTCAAAAACCTCTCTTAAAAATCCCGGGAGTTCATAAAGTTGAGGCAAAATATGAAAAGGGTGAGATCACAGTGAAGGGGACCATTGATGCCAAGAAGATTCATATCAGACTACAAAAATGGAGCAAGAAGAAAGTTGAATTAGTTTCCGAGACTAAATCCAAGGAAGAAGAGAAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800289.1
MAKEEKKVEVIIAVYKAHLHCPKCAHDIQKPLLKIPGVHKVEAKYEKGEITVKGTIDAKKIHIRLQKWSKKKVELVSETKSKEEEKKKETIRTITMKAFLHCDQCERETRTRLLMHRGIHNVKTDVKAHTITVEGVIEAEKLRAYMKKKVHKYAEIVQEKKKEEEKKEKVVKVVEEKTVVIKEFKEVEKVEVKIKEGGGTPYFIHYVHAPQLFSDENPNACSIM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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