当前解析结果
SmilChr03G002689| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002689 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002689 |
| 描述 | late embryogenesis abundant protein 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 42769276 - 42770620 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015875 |
|---|---|
| GeneID | 131015875 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015875 |
| 原始查询 | LOC131015875 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | late embryogenesis abundant protein 6-like |
| 产物 | late embryogenesis abundant protein 6-like |
| Arabidopsis | AT1G32560 (AtLEA4-1)Late embryosis abundant protein, group 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840150] identity=48.5; qcov=0.471; evalue=1.92e-08; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | GO:0009793 (embryo development ending in seed dormancy) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03760 (LEA_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015875 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057800302.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057800302.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057800302.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800302.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800302.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:42770214 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B100,B102,C53,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800302.1PF03760
LEA_1 1-69 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800302.1 |
Pfam | PF03760 |
LEA_1 | Domain | 1 | 69 | 2.7e-12 | 47.7 | Late embryogenesis abundant (LEA) group 1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。