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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002689

染色体: Chr03 坐标: 42769276-42770620 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002689
名称SmilChr03G002689
描述late embryogenesis abundant protein 6-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向42769276 - 42770620 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015875
GeneID131015875
locus_tag-
NCBI NameLOC131015875
原始查询LOC131015875

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述late embryogenesis abundant protein 6-like
产物late embryogenesis abundant protein 6-like
ArabidopsisAT1G32560 (AtLEA4-1)
Late embryosis abundant protein, group 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840150]
identity=48.5; qcov=0.471; evalue=1.92e-08; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0009793 (embryo development ending in seed dormancy)
KEGG-
PfamPF03760 (LEA_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015875

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057800302.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057800302.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057800302.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800302.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800302.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:42770214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B100,B102,C53,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800302.1
140 aa
N
1
70
140
LEA_1
C
PF03760 LEA_1 1-69 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800302.1 Pfam PF03760 LEA_1 Domain 1 69 2.7e-12 47.7 Late embryogenesis abundant (LEA) group 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944319.1
TGTCTATCTACAGAAAAATCTTATTTATAGAAAAGTTATACTCCAAATAATTGCCTATAAAGTTTCTTCTCATCATTTACATGCATTTGCTCCAAATTCAGAAAATACAACGGTGAAAGTAAAAGTTTAGCGAAGATGCAGGCCATCAAGGAGAAGATAAATGACTTGAAGGAAATCCGAAAAGCCAAGGCTGAAGCAAAAGAGGGGGAAAAAGCAGAGAGAGAGCTAGCAAGAGCTCGACTGGAGGTGGCTCATGAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015875
ATGCAGGCCATCAAGGAGAAGATAAATGACTTGAAGGAAATCCGAAAAGCCAAGGCTGAAGCAAAAGAGGGGGAAAAAGCAGAGAGAGAGCTAGCAAGAGCTCGACTGGAGGTGGCTCATGAGGTGAGGATGGCGAGGGAGGCTGAGGCGGCGATGGATTATCACGTCCAGAAAGCGGCGGAGAAGGCGGCGGAGCACGAGAAGAAGTTCCCTCAGGATGGGTTAAGGGCCGAGGATGGCGTCTCTCCTGAATCTCATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800302.1
MQAIKEKINDLKEIRKAKAEAKEGEKAERELARARLEVAHEVRMAREAEAAMDYHVQKAAEKAAEHEKKFPQDGLRAEDGVSPESHGRAMANSSEPPAPYSSDLYSGGAAPDSGHNKANFIDAASSPSEAAAPPSQNNFL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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