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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002690

染色体: Chr03 坐标: 42786737-42788734 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002690
名称SmilChr03G002690
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向42786737 - 42788734 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015876
GeneID131015876
locus_tag-
NCBI NameLOC131015876
原始查询LOC131015876

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 4-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 4-like
ArabidopsisAT1G29000 (AT1G29000)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839774]
identity=51.8; qcov=0.744; evalue=7.45e-49; confidence=medium
RiceOs02g0510600
-
identity=27.1; qcov=1.26; evalue=6.33e-19; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00403 (HMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057800304.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800304.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800304.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800304.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800304.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:42787457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B16,B76,B78,C78
Chr3:42787471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B76,B78,C78
Chr3:42787494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800304.1
223 aa
N
1
112
223
HMA
HMA
C
PF00403 HMA 18-67 aa PF00403 HMA 97-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800304.1 Pfam PF00403 HMA Domain 18 67 3.1e-20 73.0 Heavy-metal-associated domain
XP_057800304.1 Pfam PF00403 HMA Domain 97 149 3.1e-20 73.0 Heavy-metal-associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944321.1
GGTGAACCACATGCATCAAATCCCACCAACCATTTTGAACAATTTAGCTAATTAGGAGGACTAGACTAGTTTCCAAATTTCTCATCGACTAAAACCTCCAACAATTTTAAGCCCATTTAGCTCTCTCTGTGTTTTGTTAATTTCTTGCTAGATACATGGCAAAAGAAGAGAAGAAAGTTGAAGTTATTATAGCGGTTTACAAAGCACATTTGCATTGCCCAAAATGTGCACACGACATTCAAAAACCTCTCTTAAAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015876
ATGGCAAAAGAAGAGAAGAAAGTTGAAGTTATTATAGCGGTTTACAAAGCACATTTGCATTGCCCAAAATGTGCACACGACATTCAAAAACCTCTCTTAAAAATCCCGGGAGTTCATAAAGTCGAGACAAAATTTGAAAAGGGTGAGATCACAGTGAAGGGGACCGTTGATGCCAAGAAGATTCATACCAGACTACAAAAATGGAGCAAGAAAAAAGTTGAATTAGTTTCCGAGACTAAATCTAAGGAAGAAGAGAAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800304.1
MAKEEKKVEVIIAVYKAHLHCPKCAHDIQKPLLKIPGVHKVETKFEKGEITVKGTVDAKKIHTRLQKWSKKKVELVSETKSKEEEKKKETIRTITMKAFLHCDQCERETRARLLMHRGIHNVKTDVKAQTITVEGVIEAEKLRAYMKKKVHKYAEIVQEKKKEEEKKEKVVKVVEEKTSVIKEFKEVEKVEVKIKEGGTPYFIHYVHAPQLFSDENPNACSIM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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