Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002733`

染色体: Chr03 坐标: 43433217-43434944 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002733`
名称	SmilChr03G002733
描述	non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 14-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	43433217 - 43434944 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015897`
GeneID	`131015897`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015897`
原始查询	`LOC131015897`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 14-like
产物	non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 14-like
Arabidopsis	`AT2G44300` (AT2G44300) Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819038] identity=63.6; qcov=0.872; evalue=9.37e-58; confidence=high
Rice	`Os07g0198300` (OsLTPG19) - identity=59.5; qcov=0.707; evalue=3.57e-44; confidence=medium
GO	GO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding)
KEGG	-
Pfam	PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057800374.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057800375.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800374.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800374.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800374.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:43434097`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A7,B80,C8
`Chr3:43434097`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A7,B80,C8
`Chr3:43434189`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B8
`Chr3:43434217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr3:43434703`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B90,B98,C43,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800374.1

181 aa

181

LTP_2

Tryp_alpha_amyl

PF14368 LTP_2 19-108 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 31-108 aa

XP_057800375.1

169 aa

169

LTP_2

Tryp_alpha_amyl

PF14368 LTP_2 13-96 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 19-96 aa

XP_057800376.1

164 aa

164

LTP_2

Tryp_alpha_amyl

PF14368 LTP_2 8-91 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 14-91 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800374.1`	Pfam	`PF14368`	LTP_2	Family	19	108	3.6e-16	59.8	Probable lipid transfer
`XP_057800374.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	31	108	3.8e-11	43.8	Protease inhibitor/seed storage/LTP family
`XP_057800375.1`	Pfam	`PF14368`	LTP_2	Family	13	96	4.9e-16	59.4	Probable lipid transfer
`XP_057800375.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	19	96	3.6e-11	43.9	Protease inhibitor/seed storage/LTP family
`XP_057800376.1`	Pfam	`PF14368`	LTP_2	Family	8	91	1.6e-15	57.7	Probable lipid transfer
`XP_057800376.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	14	91	3.4e-11	43.9	Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944393.1
AGCTGCGTTGGCCTTCAAGAAATGGATTGGTCTATGATGAAAGGATTCAGGCAAAGTTTTTCAAAAGCAAACAAAAAAATGATGTTTCAGGCAAAACTACTGAAGGCCGGGAAGCTTTGTGGTGTGACTGCTGGCTCAAAGTTTTTGCAGGGGATAAAAAGTTGAAAAAAAAGGCGACCATGGACACTGGTAATGTTATCAGGGTGTGATAACTCCAAGGACAAAGAAGCATGTGCAGAGTCATTGGTGGGATTAGCAAC...

XM_057944391.1
GAAGCTTTGTGGTGTGACTGCTGGCTCAAAGTTTTTGCAGGGGATAAAAAGTTGAAAAAAAAGGCGACCATGGACACTGGTAATGTAAGTAGTTCTGGTTGATGCCTTCAAATATTTTTTATTTATGTTCAAATAATTTATTTATATTTCTATTTTCCTGGTAAGGCCTCATTTGAAGAGATGAATCTGTTACTCGATGTAGGGAAGAACTGCAGTGTTGAAACCATCGGATTTCATTTTGCTTGTTGTAGATGGAGTTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131015897
ATGTTATCAGGGTGTGATAACTCCAAGGACAAAGAAGCATGTGCAGAGTCATTGGTGGGATTAGCAACATGTTTGCCTTATGTTGGAGGAACTGCAAAATCCCCAACACCAGATTGCTGCAATGGTCTCAAGCAGCTTCTTAAGACCAACAAAAAGTGTCTGTGTGTGGTTATTAAGGATAGAAATGATCCTGATTTGGGCCTCAATATTAATGTCACACTTGCTTTGTCTCTCCCTCATGTTTGTAATGCTCCGGCTAA...

LOC131015897
ATGGAGTTATTGAAGTGGTTATCAGGGTGTGATAACTCCAAGGACAAAGAAGCATGTGCAGAGTCATTGGTGGGATTAGCAACATGTTTGCCTTATGTTGGAGGAACTGCAAAATCCCCAACACCAGATTGCTGCAATGGTCTCAAGCAGCTTCTTAAGACCAACAAAAAGTGTCTGTGTGTGGTTATTAAGGATAGAAATGATCCTGATTTGGGCCTCAATATTAATGTCACACTTGCTTTGTCTCTCCCTCATGTTTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057800374.1
MNTLKSSFLLASMVMLFRLSGCDNSKDKEACAESLVGLATCLPYVGGTAKSPTPDCCNGLKQLLKTNKKCLCVVIKDRNDPDLGLNINVTLALSLPHVCNAPANISQCPALLNLPPNSPDAQVFYQLEKNSSSVAGAVPPNPSSAPAGAPTSQPKNGGCDKGLLLAGLLLLPALLLSSLLL

XP_057800375.1
MELLKWLSGCDNSKDKEACAESLVGLATCLPYVGGTAKSPTPDCCNGLKQLLKTNKKCLCVVIKDRNDPDLGLNINVTLALSLPHVCNAPANISQCPALLNLPPNSPDAQVFYQLEKNSSSVAGAVPPNPSSAPAGAPTSQPKNGGCDKGLLLAGLLLLPALLLSSLLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器