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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002725

染色体: Chr03 坐标: 43267928-43268418 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002725
名称SmilChr03G002725
描述pectin acetylesterase 8-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向43267928 - 43268418 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015903
GeneID131015903
locus_tag-
NCBI NameLOC131015903
原始查询LOC131015903

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pectin acetylesterase 8-like
产物pectin acetylesterase 8-like
ArabidopsisAT4G19420 (AT4G19420)
Pectinacetylesterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827683]
identity=38.5; qcov=0.886; evalue=1.19e-09; confidence=low
RiceOs02g0702400
-
identity=34.6; qcov=0.886; evalue=8.27e-11; confidence=low
GOGO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0052793 (pectin acetylesterase activity); GO:0071555 (cell wall organization)
KEGG-
PfamPF03283 (PAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015903

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800383.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057800383.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800383.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800383.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:43268079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr3:43268160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:43268164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B38,B39,B91,D7
Chr3:43268274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr3:43268294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B44
Chr3:43268296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B32,B9,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800383.1
88 aa
N
1
44
88
PAE
C
PF03283 PAE 1-82 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800383.1 Pfam PF03283 PAE Family 1 82 1.4e-11 44.8 Pectinacetylesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944400.1
TTGCAATTGGACTGACTTACAAACCATGAAAGATTTTAGGACCACATTTATACAGACATTGAAGAGTACAATTGTTGATAGCTCTTCAAGAAGAGGCTATTTTGTACATAGTTGCTACCGTCATGGTCATATAACAGAAAAATTCTACTCGACGTGCTCATCTTTGTTTGGAAACAACATACTCGCTAACAAAACGGTGGCACAAGCCATAGGCGACTGGTATTTTGATCGGAGCAAATTCGAGGAGATTGACATTCTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015903
ATGAAAGATTTTAGGACCACATTTATACAGACATTGAAGAGTACAATTGTTGATAGCTCTTCAAGAAGAGGCTATTTTGTACATAGTTGCTACCGTCATGGTCATATAACAGAAAAATTCTACTCGACGTGCTCATCTTTGTTTGGAAACAACATACTCGCTAACAAAACGGTGGCACAAGCCATAGGCGACTGGTATTTTGATCGGAGCAAATTCGAGGAGATTGACATTCTTAATGACTTGCCACGAAACTGTAGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800383.1
MKDFRTTFIQTLKSTIVDSSSRRGYFVHSCYRHGHITEKFYSTCSSLFGNNILANKTVAQAIGDWYFDRSKFEEIDILNDLPRNCSFC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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