Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002775`

染色体: Chr03 坐标: 44144140-44145867 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002775`
名称	SmilChr03G002775
描述	myb family transcription factor PHL5-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	44144140 - 44145867 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015948`
GeneID	`131015948`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015948`
原始查询	`LOC131015948`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	myb family transcription factor PHL5-like
产物	myb family transcription factor PHL5-like
Arabidopsis	`AT5G06800` (AT5G06800) myb-like HTH transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830570] identity=52.2; qcov=0.685; evalue=5.72e-53; confidence=high
Rice	`Os04g0665600` (RLI1) - identity=60.6; qcov=0.527; evalue=5.82e-53; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF14379 (Myb_CC_LHEQLE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015948

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800453.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800453.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800453.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800453.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057800453.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:44144278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B136,B4,B52,C41
`Chr3:44144325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B58,C21,C31
`Chr3:44144422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B13
`Chr3:44144422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr3:44144727`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B134,B14,B31
`Chr3:44145030`	`C`	`CGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	16	A1,B106,B108,B110,B122,B131,B3,B47,B68,C25,C41,C5,C56,C76,C83,C9
`Chr3:44145111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:44145225`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A13,A7,B114,B25,B29,B40,B59,B81,B88,C62,C64,C81,C86,D3,D4
`Chr3:44145229`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A13,A7,B114,B25,B29,B40,B59,B81,B88,C62,C64,C81,C86,D3,D4
`Chr3:44145231`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	15	A13,A7,B114,B25,B29,B40,B59,B81,B88,C62,C64,C81,C86,D3,D4
`Chr3:44145233`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A13,A7,B114,B25,B29,B40,B59,B81,B88,C62,C64,C81,C86,D3,D4
`Chr3:44145236`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A13,A7,B114,B25,B29,B40,B59,B81,B88,C62,C64,C81,C86,D3,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800453.1

260 aa

130

260

Myb_DNA-binding

Myb_CC_LHEQLE

PF00249 Myb_DNA-binding 140-189 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 211-255 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800453.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	140	189	5.2e-08	33.6	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057800453.1`	Pfam	`PF14379`	Myb_CC_LHEQLE	Family	211	255	2.8e-16	59.7	MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944470.1
CTTGTACCTACAATGCTTTTTTGTCTGTATCCATTTTTTACTACAAGAAATGACAACAAGATTTCATCAAAATGTGGACATCTTGTTGGTGTTAAGTTCTCATTGGTCCAAGTCTCCTTTTTCCGGGAGATGTATCATCACTTTTCTACACCAACTTTTGTATCATAGTTTGCAAATTTTGTCAGCTGGGCTTATTCTTTTTTGGCAAATTTGAAGCTGCCAATCCTCTTTACATAGCAACTACTTATTACTTTTGCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015948
ATGAAGATGAACAATGATCGATCATCCAGCGGTTTGCAGAGTTTGCGTTACAAACTTTGCTTCTTATCACAGAAAGGTCTCATGCAGCCTCAGTTATTGCAAATGTTGGAAGGAGAAGGAGCCAGAGATGTGAATAACCTGCAGGGTTTTGCAGATTATGAGCAGCTTGATTCGGAGAAGAATGGCCACAGTTTTGAGTCAAGAGACATTCTACAGTCAGTTGTTCAATCTTGCTCCTGCTGTGATCTTGTTCAAGAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800453.1
MKMNNDRSSSGLQSLRYKLCFLSQKGLMQPQLLQMLEGEGARDVNNLQGFADYEQLDSEKNGHSFESRDILQSVVQSCSCCDLVQECKPQMLRNLRDMNYHQNNIVMENYYYSYSKPQHSFGSKLIASENEAAKHKTRIRWTEDLHKKFIECVDRLGGAKKATPKGILKLMKCDGLTIFHIKSHLQKYRVSELMPEEKEGNSEQVDSKTGMQIVEALRLQIDVQRQLYEQLESQKKLQMRIEEQAKQLQTMLQCQLNTKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器