Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002777`

染色体: Chr03 坐标: 44181009-44204137 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002777`
名称	SmilChr03G002777
描述	beta-glucosidase 12-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	44181009 - 44204137 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015949`
GeneID	`131015949`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015949`
原始查询	`LOC131015949`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	beta-glucosidase 12-like
产物	beta-glucosidase 12-like
Arabidopsis	`AT2G44480` (BGLU17) beta glucosidase 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819055] identity=54.1; qcov=0.931; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0474800` (Os4bglu12) - identity=58.5; qcov=0.925; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0008422 (beta-glucosidase activity)
KEGG	smil00460 (Cyanoamino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00999 (Biosynthesis of various plant secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00232 (Glyco_hydro_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057800454.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057800454.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800454.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800454.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800454.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:44181231`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A7,B40
`Chr3:44181231`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A7,B40
`Chr3:44181244`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	34	A25,A5,B10,B101,B106,B109,B119,B120,B124,B126,B128,B17,B18,B24,B27,B45,B46,B63,B75,B77,B81,B9,C3,C39,C43,C48,C49,C68,C72,C76,C77,C8,C80,C84
`Chr3:44181269`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B121,B33,C26
`Chr3:44181269`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B121,B33,C26
`Chr3:44181270`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	191	A1,A10,A11,A15,A18,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B106,B108,B109,B110,B112,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B3,B31,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B45,B46,B49,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B6,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B84,B85,B86,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C25,C28,C29,C3,C30,C32,C34,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C54,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C83,C84,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D5,D6,D7,D9
`Chr3:44181272`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	191	A1,A10,A11,A13,A15,A18,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B108,B109,B110,B112,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B17,B18,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B3,B31,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B45,B46,B49,B50,B52,B53,B55,B56,B57,B6,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B81,B84,B85,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C19,C2,C21,C22,C25,C28,C29,C3,C30,C32,C34,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C54,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C83,C84,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D5,D6,D7,D9
`Chr3:44181339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr3:44181385`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	20	B102,B11,B110,B114,B115,B118,B136,B62,B66,B67,B68,B74,B88,C20,C25,C48,C5,C9,D1,D5
`Chr3:44181388`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	19	B102,B11,B110,B114,B115,B118,B62,B66,B67,B68,B74,B88,C20,C25,C48,C5,C9,D1,D5
`Chr3:44186008`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr3:44186023`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800454.1

518 aa

259

518

Glyco_hydro_1

PF00232 Glyco_hydro_1 29-494 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800454.1`	Pfam	`PF00232`	Glyco_hydro_1	Domain	29	494	2.8e-151	504.9	Glycosyl hydrolase family 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944471.1
GTGATTGATAGTTGAGTCATTTAGTCATTATTAGACGACAGCTGCCCCATCCCTCCTTCCCTAAATTCTGTATTTAATGGTGGATGGAATGAGATGAGAGTTTCACATCAGAAACAGCCATGCCTTGTCTTCCTGCCATCTTCCTTGTATTTTTGGTGTCTTCATCTTTTGCAGGAACAGCTTACGCTCACAATCTCAGTCGTAGCAGTTTCCCGCCTGCTTTCATATTCGGAGCTGCCTCCGCTGCCTATCAATATGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015949
ATGCCTTGTCTTCCTGCCATCTTCCTTGTATTTTTGGTGTCTTCATCTTTTGCAGGAACAGCTTACGCTCACAATCTCAGTCGTAGCAGTTTCCCGCCTGCTTTCATATTCGGAGCTGCCTCCGCTGCCTATCAATATGAAGGCGCTGCATTTGAAGACGGGAAAGGAGCAAGTATATGGGACACTTTCACCCACAAATATCCAGGAAAAATAGCTGACAGGAGCAACGGGGACGTGGCTAACGATTTCTATAATCGATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800454.1
MPCLPAIFLVFLVSSSFAGTAYAHNLSRSSFPPAFIFGAASAAYQYEGAAFEDGKGASIWDTFTHKYPGKIADRSNGDVANDFYNRYKDDVETLKSIGVDSFRMSISWSRILPRGKLSAGVNKAGITFYNNVFNELLAKGIIPFVTIFHWDVPQALEDEYEGFLSPLIIDDFKDFAELCFKEFGDRIKNWITFNEPSIFINGGYVGDVGSLAPGRCSDRAKCAQGNSATEPYIVGHNLLLSHAQTIKLYKQKYQGDQKGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器