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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002827

染色体: Chr03 坐标: 44751241-44758936 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002827
名称SmilChr03G002827
描述uncharacterized SmilChr03G002827
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向44751241 - 44758936 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015976
GeneID131015976
locus_tag-
NCBI NameLOC131015976
原始查询LOC131015976

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述meiosis chromosome segregation family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822305]; symbol=AT3G26890; hit=AT3G26890; species=arabidopsis; confidence=medium
产物meiosis chromosome segregation family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822305]; symbol=AT3G26890; hit=AT3G26890; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G26890 (AT3G26890)
meiosis chromosome segregation family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822305]
identity=39.5; qcov=1.03; evalue=2.35e-116; confidence=medium
RiceOs09g0509400
-
identity=38.8; qcov=0.974; evalue=2.81e-103; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF13889 (Chromosome_seg); PF13915 (DUF4210)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015976

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800480.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800480.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800480.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800480.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800480.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:44753311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D8
Chr3:44753870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:44754733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B59,B8,C23
Chr3:44755774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr3:44755988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C42
Chr3:44756080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B46,B73,C78
Chr3:44756251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B123,B35
Chr3:44756279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B22,B23,B74,B78,C79
Chr3:44756405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D8
Chr3:44756593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr3:44756633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800480.1
680 aa
N
1
340
680
DUF4210
Chromosome_seg
C
PF13915 DUF4210 383-428 aa PF13889 Chromosome_seg 598-678 aa
XP_057800481.1
680 aa
N
1
340
680
DUF4210
Chromosome_seg
C
PF13915 DUF4210 383-428 aa PF13889 Chromosome_seg 598-678 aa
XP_057800482.1
680 aa
N
1
340
680
DUF4210
Chromosome_seg
C
PF13915 DUF4210 383-428 aa PF13889 Chromosome_seg 598-678 aa
XP_057800483.1
680 aa
N
1
340
680
DUF4210
Chromosome_seg
C
PF13915 DUF4210 383-428 aa PF13889 Chromosome_seg 598-678 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800480.1 Pfam PF13915 DUF4210 Domain 383 428 6.5e-05 24.0 Domain of unknown function (DUF4210)
XP_057800480.1 Pfam PF13889 Chromosome_seg Family 598 678 5.8e-23 81.5 Chromosome segregation during meiosis
XP_057800481.1 Pfam PF13915 DUF4210 Domain 383 428 6.5e-05 24.0 Domain of unknown function (DUF4210)
XP_057800481.1 Pfam PF13889 Chromosome_seg Family 598 678 5.8e-23 81.5 Chromosome segregation during meiosis
XP_057800482.1 Pfam PF13915 DUF4210 Domain 383 428 6.5e-05 24.0 Domain of unknown function (DUF4210)
XP_057800482.1 Pfam PF13889 Chromosome_seg Family 598 678 5.8e-23 81.5 Chromosome segregation during meiosis
XP_057800483.1 Pfam PF13915 DUF4210 Domain 383 428 6.5e-05 24.0 Domain of unknown function (DUF4210)
XP_057800483.1 Pfam PF13889 Chromosome_seg Family 598 678 5.8e-23 81.5 Chromosome segregation during meiosis

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098807.1
TTTTTTTTTTTTTGAGATGATCTGTGCTACATATGTTGGGATAATAGTTTTTGGAAATTTATTTCCACGGGAATCTAGTTAGTAACCCTATAGTCAAAAGAGAAGATTGTAATATTGTACTCCAAGTATTATTGTTTGGAGTGGGTAAAATCGAGATTAGGGGAGTGGCAATCACTAGAAGATAATAATGTGTGTTGGCGATATGTGGCCCGCGACAAAAAATTGTAAAATGACTAATAAGTGAATGCCACGTTGCTGCA...
XR_009098808.1
TTGGAAAACTTAATTCGGCATTGGATTTTCTAGATATTCTGTTCAGAAATCGGAGCTCATATACACTGTAAGCTAGAAGAAGTTGCCCATTTTATCAGGACAGTTGATTACTTTGTTGGAGAGAGATGGGATTACCTCAAGTCTCATCTTGTGAGGCATCTGAAAGTGAACCTAGTCCTTTAGGGACATTTGTTTATACCATACCACAATATGGTGGTGTTAATGTGAGTGGGGTGTGTGTGGGAGCTGCAAACCAAACA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131015976
ATGGGATTACCTCAAGTCTCATCTTGTGAGGCATCTGAAAGTGAACCTAGTCCTTTAGGGACATTTGTTTATACCATACCACAATATGGTGGTGTTAATGTGAGTGGGGTGTGTGTGGGAGCTGCAAACCAAACATTTGGGGATTCTAGATATTATTCTTTGCCAGATTTTCGGTGGAACACCTCAAAATCTCCTGATGGATTTGAGAAAAGGTTTTTGGATGCAGCACCTGATAGTGTTCTCGAAAGGTTACCATTTGA...
LOC131015976
ATGGGATTACCTCAAGTCTCATCTTGTGAGGCATCTGAAAGTGAACCTAGTCCTTTAGGGACATTTGTTTATACCATACCACAATATGGTGGTGTTAATGTGAGTGGGGTGTGTGTGGGAGCTGCAAACCAAACATTTGGGGATTCTAGATATTATTCTTTGCCAGATTTTCGGTGGAACACCTCAAAATCTCCTGATGGATTTGAGAAAAGGTTTTTGGATGCAGCACCTGATAGTGTTCTCGAAAGGTTACCATTTGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057800480.1
MGLPQVSSCEASESEPSPLGTFVYTIPQYGGVNVSGVCVGAANQTFGDSRYYSLPDFRWNTSKSPDGFEKRFLDAAPDSVLERLPFEDSSTPETRRSVQPPISRIVGFNCSEKDASFDRLDGVRSYCQSASTKFSLKETESSGLVKKRMLSPLNKMLLYQQFDGDSLNIGSRNFQNSCHSSKDSISLAQDSKKANVGSKNHSTMPIWSISNCSELNDRLYKYSKTTSIFFTDGPVLEDKEVVPFPYVPSSITDSLSKLGE...
XP_057800481.1
MGLPQVSSCEASESEPSPLGTFVYTIPQYGGVNVSGVCVGAANQTFGDSRYYSLPDFRWNTSKSPDGFEKRFLDAAPDSVLERLPFEDSSTPETRRSVQPPISRIVGFNCSEKDASFDRLDGVRSYCQSASTKFSLKETESSGLVKKRMLSPLNKMLLYQQFDGDSLNIGSRNFQNSCHSSKDSISLAQDSKKANVGSKNHSTMPIWSISNCSELNDRLYKYSKTTSIFFTDGPVLEDKEVVPFPYVPSSITDSLSKLGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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