Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002845`

染色体: Chr03 坐标: 45010443-45013947 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002845`
名称	SmilChr03G002845
描述	uncharacterized SmilChr03G002845
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	45010443 - 45013947 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015982`
GeneID	`131015982`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015982`
原始查询	`LOC131015982`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822313]; symbol=AT3G26950; hit=AT3G26950; species=arabidopsis; confidence=high
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822313]; symbol=AT3G26950; hit=AT3G26950; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G26950` (AT3G26950) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822313] identity=58.3; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0507400` - identity=59.7; qcov=0.865; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF25102 (DUF7810)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015982

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057800495.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057800495.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800495.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800495.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800495.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:45010695`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr3:45010728`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr3:45010843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:45011154`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B99,D8
`Chr3:45011460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr3:45011467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C6,C75
`Chr3:45012195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B29,B81,C48,C77,C83
`Chr3:45013567`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B33,C82
`Chr3:45013696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr3:45013727`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C58,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800495.1

556 aa

278

556

DUF7810

PF25102 DUF7810 82-552 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800495.1`	Pfam	`PF25102`	DUF7810	Family	82	552	3.6e-253	841.1	Family of unknown function (DUF7810)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944512.1
ACACACACTGTTGTAGTGTAGTATTCGGAAAAGCGACAAAATTTACGTCGACGTTGCTAAACTTTTTTATATTGAATGAAATGTAATAAATCTTTGAAAGATTCTCAACCTTTTTCAGCCATTGAATAATATCATCAGCAGCTCAAAACACTGCACCGTCGCCGTTAGCTGGCCTTGACCGGAAACTGAAACATGAGTTCGAAGTCGACGCCGCGGCGTCGGCGGCGGATGTCCGTTCAATTCCTCCTGATCCTGATCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015982
ATGAGTTCGAAGTCGACGCCGCGGCGTCGGCGGCGGATGTCCGTTCAATTCCTCCTGATCCTGATCGCGATATCCACCATTTTCGGGCTGCTGACGACGGATCTCAGGTCGATTGAGCCGTCGCCGAAGGTCGAGATGAGGAAGGGGGAGTTTTCAGCTGATACAACGTCGGATAAGGTCGAGATGAGGAAGGAGGAGTTTTCAGCTGATACGACGTCGGATAAGGTGGAGGCAGCTGAGGGCGGGAAGAAATGCGCGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800495.1
MSSKSTPRRRRRMSVQFLLILIAISTIFGLLTTDLRSIEPSPKVEMRKGEFSADTTSDKVEMRKEEFSADTTSDKVEAAEGGKKCATVEEMGQIFSRGYVGESLRVRRLIRHHFADNGASRVRNLPPEQFCNRGFVIGKASEAGLGNELYKLLTAAALSVMLNRSLIIGQTRDKYPFGDYISYSNVTFTLKEVKHLWRQNRCLTKYKRHLTMRIDDFQKPSRTAVLCSNWREWEQPIIWFQNATDAVAAQFFLKNIHPEM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器