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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002814

染色体: Chr03 坐标: 44605203-44609089 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002814
名称SmilChr03G002814
描述mitochondrial phosphate carrier protein 3, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向44605203 - 44609089 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015997
GeneID131015997
locus_tag-
NCBI NameLOC131015997
原始查询LOC131015997

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial phosphate carrier protein 3, mitochondrial-like
产物mitochondrial phosphate carrier protein 3%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G14040 (PHT3;1)
phosphate transporter 3;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831252]
identity=78.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0767500 (OsPT15)
-
identity=81.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:1990547 (mitochondrial phosphate ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015997

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057800524.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057800524.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057800524.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800524.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800524.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:44605613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:44605673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:44606720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr3:44606721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B72,C84
Chr3:44607065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr3:44607075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800524.1
360 aa
N
1
180
360
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 67-151 aa PF00153 Mito_carr 163-250 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800524.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 67 151 2.2e-45 153.0 Mitochondrial carrier protein
XP_057800524.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 163 250 2.2e-45 153.0 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944541.1
TTTCATAATTAAAAAGAAATCTGATTTCTTATGATTACCAAACTATCCAAAATTGTGGCCGAATTTAGATGTAGGCCGGGAATGAAGACATGTACATTATGGTAAATTCGCGTATTGCGTCGTAGCAGAGGGGTTTTCTCAAATTTCGCTTTCGTATAAATAACGCATGATTTCCTTTCCCCAATAACATTGCTGCGCTTTCTGCTTTTGGTTTTCTTCAATCGGGAAAACTCGACCACCATTTCCGGAGGAGCCGCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015997
ATGGCTTTCTCCTCCGACCGTCAGTCTCTTATCCCATCCTTCCTCTACAGCTCCTCTTTCACCTCCAAACCCCTAAATCTCCACAAAATGGCCTCGCATTCCAGTTCGCCGGCGGCGGCTGCTTCCGCTCCTAGCGGCGGATTCATGATTCAGGCGCCGAACGAGCCTGGAAAGATCGAGATGTACTCTTCTCAGTTCTACGCCGCCTGTACGGTTGGTGGAATACTCAGCTGCGGTCTTACTCACATGGCCGTCACTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800524.1
MAFSSDRQSLIPSFLYSSSFTSKPLNLHKMASHSSSPAAAASAPSGGFMIQAPNEPGKIEMYSSQFYAACTVGGILSCGLTHMAVTPLDLVKCNMQIDPAKYKSISSGFGVLLKEQGARGFFRGWVPTLLGYSAQGACKFGFYEFFKKYYSDLAGPENAAKYKTLIYLAGSASAELIADVALCPMEAVKVRVQTQPGFARGLSDGLPKFVRSEGALGLYKGLVPLWGRQIPYTMMKFASFETIVEMIYKHAIPTPKNECS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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