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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002868

染色体: Chr03 坐标: 45305014-45309383 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002868
名称SmilChr03G002868
描述protein LAZY 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向45305014 - 45309383 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015998
GeneID131015998
locus_tag-
NCBI NameLOC131015998
原始查询LOC131015998

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LAZY 1-like
产物protein LAZY 1-like
ArabidopsisAT5G14090 (AT5G14090)
regulator of nonsense transcript protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831258]
identity=32.2; qcov=1.05; evalue=2.22e-37; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0009630 (gravitropism); GO:2000012 (regulation of auxin polar transport)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015998

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057800525.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057800525.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057800525.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800525.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800525.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:45307023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:45309079 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 189 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A22,A23,A24,A25,A4,A6,A7,B10,B103,B105,B106,B107,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B118,B120,B121,B122,B125,B126,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B139,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B24,B25,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B40,B44,B45,B46,B48,B5,B50,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,C10,C12,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C33,C35,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C67,C68,C7,C70,C71,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944542.1
TGGGAAGTGTTGGTACAAGGACGACTATTTGAGATTTCGTGCATATTTACAATCTATCATCTATGTAATATAACATTTGGGTTTCCACAAAACACAATCAGAAGGGCGGCGAGTCTTCTGTGAACAGTCTTACAAATGTATCCATACCCAGATCCAAACACACCAAAACACCAACAAACTTATGCATATACCACGAGATAAGAGTTTGAGTCCAGGTCAGGATACCATCATAGGGACCTTGACCCGTGAGACGATCTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015998
ATGACGTTCCTAGGTTGGATGCATCGTAAGTTGACCCACAACAGCATGGAGCCAAAGAAGAATTCCATATTAGGAAACCCTTGTGCTTGTTTTTCAGTGCAGACATTATTTGATGAGCAAAACTATTGCACAGAACCAAACAAGAATTTGTCTCACTCGGAAACCAAATTTCACAAGTCTCCAAACAGGTTTGGATCTGATGAATTCAAAGGGCTCTTCCAAGAGGAATTGTTTGAGCCTTTTGAATTTCTTGCAATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800525.1
MTFLGWMHRKLTHNSMEPKKNSILGNPCACFSVQTLFDEQNYCTEPNKNLSHSETKFHKSPNRFGSDEFKGLFQEELFEPFEFLAIGTFGMELHGTDPPTPTLPMPSDDLTDYRIEISENDLQLINYELEKFLEAEDKELANETSGRSSQASIITLSKPMEGEDSDGQTYFPDFPLQNYLLANSIGVAETNNETRKEKTSLEDLFGRNSIDQDQPPRESKGAEQHSRKRNVTCFMKKVVKKFHSSSTSSTATDEAIVSIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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