当前解析结果
SmilChr03G002815| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002815 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002815 |
| 描述 | B3 domain-containing transcription factor FUS3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 44612997 - 44618930 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016007 |
|---|---|
| GeneID | 131016007 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016007 |
| 原始查询 | LOC131016007 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | B3 domain-containing transcription factor FUS3-like |
| 产物 | B3 domain-containing transcription factor FUS3-like |
| Arabidopsis | AT3G26790 (FUS3)AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822293] identity=49.5; qcov=0.717; evalue=1.82e-53; confidence=high |
| Rice | Os04g0676650 (OsLFL2)- identity=50; qcov=0.37; evalue=1.32e-30; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02362 (B3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016007 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057800539.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800539.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800539.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057800539.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057800539.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:44613673 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,C48 |
Chr3:44613833 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B69,C13,C77,C8 |
Chr3:44613860 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B34,B72,C84 |
Chr3:44614713 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B131,B22,C50,C6,C75 |
Chr3:44618326 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800539.1PF02362
B3 87-187 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800539.1 |
Pfam | PF02362 |
B3 | Domain | 87 | 187 | 3.5e-10 | 40.4 | B3 DNA binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。