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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002888

染色体: Chr03 坐标: 45550095-45553642 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002888
名称SmilChr03G002888
描述uncharacterized SmilChr03G002888
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向45550095 - 45553642 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016047
GeneID131016047
locus_tag-
NCBI NameLOC131016047
原始查询LOC131016047

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016047

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800572.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057800572.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057800573.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057800572.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800573.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:45550270 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A10
Chr3:45550270 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 A10
Chr3:45550280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr3:45550281 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A8,B125,C56
Chr3:45550281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B125,C56
Chr3:45550320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr3:45550321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr3:45550322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B8,C20,C39,D9
Chr3:45550333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B86,C20,C27
Chr3:45550334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr3:45550342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr3:45550352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944589.1
GGTTCATTTCTATTTAAAGAACTTAGGAAGCTTAATTTCTATTTAAAGAACTTATAATGTTTAAATTTATTTAATTCGCTTTATCGCCGGTGGGGGAGAGGCGAAATATATGATTTAGCATGATTAATTGCGTTGAGCATGTTTTAATTATAATTAAGCATGATAGTTTCGCCGGTGGGGGAGAGGCGATTAAGTATGATTGTGATTAATTGGAGTTTGGGCCGCCGGTGGGGGAGAGGCGGAGGCGGTAGCAATGACTA...
XM_057944590.1
CGGGAGAGCAATATTTCTTTTGACGAGGCTACTTGGGCGACTTTTCGACGGATGCATTATAAGAATGGACAGTATACCGCTGGACGACCTGCGCAGCACGGGTTGGAGGTCGAGAGGCGATTGGCAGAGCTTCGCCAAACACAGGAAGAGGTCACGCCCGTAGATGTAGAGCGCATCTTCCGAGAGGTCGTCGCTCCTGATTCGAGGGGGCGCATCATGGGATTAGGCATGATGATGTCTAGGGCGATTACTGAGAGCGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016047
ATGATAGTTTCGCCGGTGGGGGAGAGGCGATTAAGTATGATTGTGATTAATTGGAGTTTGGGCCGCCGGTGGGGGAGAGGCGGAGGCGGTAGCAATGACTACCGCCTTGGTTTTGTTGTTGTGTTGAAATTTCAATCTTCAATCATCCTTCTTGAAATCCTAATCTTGGAGGTCGAGAGGCGATTGGCAGAGCTTCGCCAAACACAGGAAGAGGTCACGCCCGTAGATGTAGAGCGCATCTTCCGAGAGGTCGTCGCTCC...
LOC131016047
ATGCATTATAAGAATGGACAGTATACCGCTGGACGACCTGCGCAGCACGGGTTGGAGGTCGAGAGGCGATTGGCAGAGCTTCGCCAAACACAGGAAGAGGTCACGCCCGTAGATGTAGAGCGCATCTTCCGAGAGGTCGTCGCTCCTGATTCGAGGGGGCGCATCATGGGATTAGGCATGATGATGTCTAGGGCGATTACTGAGAGCGGCGAGTCGTCGAGCACGCACTCCACTAGCACCTCCCAGTTTCCTTTCCCTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057800572.1
MIVSPVGERRLSMIVINWSLGRRWGRGGGGSNDYRLGFVVVLKFQSSIILLEILILEVERRLAELRQTQEEVTPVDVERIFREVVAPDSRGRIMGLGMMMSRAITESGESSSTHSTSTSQFPFPVASRDELITLREELSSTQRELEVRRASEEAQSKAIQEMQAQIALLMRGYHAQSPSDASDGTHPDL
XP_057800573.1
MHYKNGQYTAGRPAQHGLEVERRLAELRQTQEEVTPVDVERIFREVVAPDSRGRIMGLGMMMSRAITESGESSSTHSTSTSQFPFPVASRDELITLREELSSTQRELEVRRASEEAQSKAIQEMQAQIALLMRGYHAQSPSDASDGTHPDL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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