Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002889`

染色体: Chr03 坐标: 45563830-45567466 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002889`
名称	SmilChr03G002889
描述	protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	45563830 - 45567466 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016048`
GeneID	`131016048`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016048`
原始查询	`LOC131016048`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4-like
产物	protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4-like
Arabidopsis	`AT5G14120` (AT5G14120) Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831262] identity=70.6; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0532400` (OsMFS4) - identity=70.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF06813 (Nodulin-like); PF23262 (NFD4_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057800575.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057800575.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057800575.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800575.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800575.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:45564424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B16,B40
`Chr3:45565892`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C8
`Chr3:45565892`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C8
`Chr3:45565907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr3:45565930`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A21
`Chr3:45565930`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A21
`Chr3:45566031`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr3:45566154`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	21	A13,A6,A8,B102,B106,B125,B131,B135,B21,B32,B45,B50,B92,B99,C17,C22,C37,C43,C67,C76,D7
`Chr3:45566155`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	20	A13,A6,A8,B102,B106,B125,B131,B135,B21,B32,B45,B50,B92,B99,C17,C22,C37,C43,C76,D7
`Chr3:45566261`	`GTC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	A18,C27
`Chr3:45566261`	`GTC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	A18,C27
`Chr3:45566376`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800575.1

591 aa

296

591

Nodulin-like

NFD4_C

PF06813 Nodulin-like 16-263 aa PF23262 NFD4_C 358-522 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800575.1`	Pfam	`PF06813`	Nodulin-like	Domain	16	263	1.7e-94	316.7	Nodulin-like
`XP_057800575.1`	Pfam	`PF23262`	NFD4_C	Domain	358	522	2.6e-18	67.4	NFD4, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944592.1
GTCTAGACCGTCAGATGATTTTCATGTTTCTTTTTGTTTTGTTTTTTTGGCATTATTAAATTTCATGGTAGAGTGAGAAAGTTTGTATTTTTCAGCATCACTTTCACATGCTGTATCCGTCTCTGTATGATAATCACAAAAAAATAATCAGTAGGTTGTAATAATAAAATAAAATCAGGGGTCAGTTTCAGTCGTTCTGTTCCACTAAGCTACAATTACATCCACGACCACGATTGTCGCTCGACGCCTTCCACACAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016048
ATGATGGGCCATTTCGGAGAGAAGTTTACATCGTTCTTCAACAATCGGTGGCTGGTTTTTGTGGCTGCAATGTGGGTGCAATCATGCGGGGGAGTTGGGTACGTATTCGGGAGCATATCGCCGGTGATCAAGAGCTCTTTGAGCTATAATCAGAGGCAGGTTGCGAGGTTGGGAGTGGCGAAAGATTTAGGTGACAGCGTTGGATTTTTACCCGGTATTTTATCCGAGGTTTTGCCGTTGTGGGGTGTTCTGTTGATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800575.1
MMGHFGEKFTSFFNNRWLVFVAAMWVQSCGGVGYVFGSISPVIKSSLSYNQRQVARLGVAKDLGDSVGFLPGILSEVLPLWGVLLIGAIQNLIGYGWVWLVVTGRSPVLPLWAMCILIFVGTNGETYFNTAALVSCVQNFPKNRGPVVGILKGFAGLSGAILTQIYALLHSPDQASLIFMVAVGPTIVAVSLMFIIRPVGGHRQIRSSDGFSFSIIYGVCLILAAYLMGVMLVQDLVYVSETVITIFTLILFFLLLFPIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器