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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002944

染色体: Chr03 坐标: 46168929-46174061 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002944
名称SmilChr03G002944
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27270
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46168929 - 46174061 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016068
GeneID131016068
locus_tag-
NCBI NameLOC131016068
原始查询LOC131016068

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27270
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27270
ArabidopsisAT5G27270 (EMB976)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832785]
identity=54.7; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0111300
-
identity=56.3; qcov=0.462; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016068

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057800623.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057800623.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800623.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800623.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800623.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46169596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:46169636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B38,D10
Chr3:46169711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C58,C78,C85
Chr3:46169827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:46170245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr3:46170250 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr3:46170250 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C14
Chr3:46170347 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A19,B110,B121,B13,B42,B86,C32
Chr3:46170489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:46170516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr3:46170702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C26
Chr3:46171335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800623.1
1064 aa
N
1
532
1064
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_long
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 184-221 aa PF13041 PPR_2 185-233 aa PF01535 PPR 189-218 aa PF13041 PPR_2 255-304 aa PF17177 PPR_long 266-404 aa PF13812 PPR_3 281-336 aa PF01535 PPR 293-323 aa PF13041 PPR_2 294-335 aa PF01535 PPR 328-358 aa PF01535 PPR 364-393 aa PF01535 PPR 398-427 aa PF01535 PPR 434-463 aa PF01535 PPR 541-562 aa PF23276 TPR_24 744-869 aa PF13812 PPR_3 765-819 aa PF13041 PPR_2 772-818 aa PF01535 PPR 774-803 aa PF01535 PPR 810-835 aa PF13812 PPR_3 833-888 aa PF13041 PPR_2 844-889 aa PF23276 TPR_24 844-973 aa PF01535 PPR 846-874 aa PF17177 PPR_long 855-999 aa PF13041 PPR_2 876-924 aa PF01535 PPR 879-909 aa PF13812 PPR_3 901-959 aa PF01535 PPR 915-944 aa PF01535 PPR 950-979 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800623.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 184 221 7e-58 193.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800623.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 185 233 9e-95 311.4 PPR repeat family
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 189 218 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 255 304 9e-95 311.4 PPR repeat family
XP_057800623.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 266 404 7.5e-35 120.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057800623.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 281 336 7e-58 193.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 293 323 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 294 335 9e-95 311.4 PPR repeat family
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 328 358 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 364 393 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 398 427 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 434 463 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 541 562 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 744 869 3.2e-28 99.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057800623.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 765 819 7e-58 193.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800623.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 772 818 9e-95 311.4 PPR repeat family
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 774 803 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 810 835 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 833 888 7e-58 193.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800623.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 844 889 9e-95 311.4 PPR repeat family
XP_057800623.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 844 973 3.2e-28 99.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 846 874 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 855 999 7.5e-35 120.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057800623.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 876 924 9e-95 311.4 PPR repeat family
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 879 909 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 901 959 7e-58 193.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 915 944 3.9e-87 281.3 PPR repeat
XP_057800623.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 950 979 3.9e-87 281.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944640.1
GCCCTAAAAAATCTACAAAATTCAGTTAAAATTGGAGCCAAATTCAGTACCACAAAATCATCAGTTCACATCAATCTCAGCTTATAAATTATGCTGCAAAAACCTCCATGAATCGAAAATGGAGGCTCTCAAATCCTCATTTCTTCTCCCATCTCCATCAATTCCACCTCCGAGAAGCAAACAGCCGCTCCCGCTGCCGCCGCGCAGGGTTCGCTGCTGCCTGCATCCCGACCCATGGAGCCTGAGCTCCGGCAACCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016068
ATGGAGGCTCTCAAATCCTCATTTCTTCTCCCATCTCCATCAATTCCACCTCCGAGAAGCAAACAGCCGCTCCCGCTGCCGCCGCGCAGGGTTCGCTGCTGCCTGCATCCCGACCCATGGAGCCTGAGCTCCGGCAACCCGAAAAACATCGGCAAACCCAAACCCAGATCCAGAAACCCGAAGAACCCTCTCCCCGACGACAACGCCCGCCGCATCATCAAGGCCAAGGCTCGGTATCTGAGCGTGCTGAGGAGGAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800623.1
MEALKSSFLLPSPSIPPPRSKQPLPLPPRRVRCCLHPDPWSLSSGNPKNIGKPKPRSRNPKNPLPDDNARRIIKAKARYLSVLRRNQGSRAQTPRWIKRTPEQMVQYMEDDRNGHLYGRHVVAAIKRVRSTAVMREGEYDMREEMCSFVAKLSFREMCVVLKEQRSWRQVRDFFGWMKLQLSYRPSVIVYTILLRSYGQGGKINLAEETFLEMLEAGCEPDEVACGTMLCTYARWGRHNAMLSFYSAVEERGVIPSVAVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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