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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002954

染色体: Chr03 坐标: 46294242-46303329 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002954
名称SmilChr03G002954
描述DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46294242 - 46303329 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016069
GeneID131016069
locus_tag-
NCBI NameLOC131016069
原始查询LOC131016069

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2-like
产物DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2-like
ArabidopsisAT4G19020 (CMT2)
chromomethylase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827640]
identity=54; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0226800 (OsCMT1)
-
identity=50; qcov=0.901; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003682 (chromatin binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGGsmil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00145 (DNA_methylase); PF00385 (Chromo); PF01426 (BAH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016069

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800624.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800624.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800624.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800624.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800624.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46294618 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B40
Chr3:46294618 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B40
Chr3:46294621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr3:46295702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C48
Chr3:46295731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B128,B65,C49,C57
Chr3:46297084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C31
Chr3:46298165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B74,C47
Chr3:46298293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:46298611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:46299330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B6,C34,D11,D7
Chr3:46299950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C37
Chr3:46301058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,B98,C39,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800624.1
907 aa
N
1
454
907
BAH
Chromo
DNA_methylase
C
PF01426 BAH 189-301 aa PF00385 Chromo 449-505 aa PF00145 DNA_methylase 515-873 aa
XP_057800625.1
906 aa
N
1
453
906
BAH
Chromo
DNA_methylase
C
PF01426 BAH 189-301 aa PF00385 Chromo 448-504 aa PF00145 DNA_methylase 514-872 aa
XP_057800626.1
883 aa
N
1
442
883
BAH
Chromo
DNA_methylase
C
PF01426 BAH 165-277 aa PF00385 Chromo 425-481 aa PF00145 DNA_methylase 491-849 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800624.1 Pfam PF01426 BAH Domain 189 301 1.3e-16 61.4 BAH domain
XP_057800624.1 Pfam PF00385 Chromo Domain 449 505 2.7e-12 47.2 Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain
XP_057800624.1 Pfam PF00145 DNA_methylase Domain 515 873 8.3e-41 141.2 C-5 cytosine-specific DNA methylase
XP_057800625.1 Pfam PF01426 BAH Domain 189 301 1.3e-16 61.4 BAH domain
XP_057800625.1 Pfam PF00385 Chromo Domain 448 504 2.6e-12 47.2 Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain
XP_057800625.1 Pfam PF00145 DNA_methylase Domain 514 872 4.8e-41 142.0 C-5 cytosine-specific DNA methylase
XP_057800626.1 Pfam PF01426 BAH Domain 165 277 1.2e-16 61.4 BAH domain
XP_057800626.1 Pfam PF00385 Chromo Domain 425 481 2.6e-12 47.2 Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain
XP_057800626.1 Pfam PF00145 DNA_methylase Domain 491 849 7.5e-41 141.3 C-5 cytosine-specific DNA methylase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944642.1
TTCCCTCTTTCACATTTTGGTTAGATTTTAGTTTCTCAGCTCACCTCACCGTACCTCATTTTGAATAATCTATACTCGCACCAATCCTCTCACCTCAGCTATGGCGGATTCTGCCCAACTCGACTCGGCTGATCCGCCACTAGCTCCGCCTTCACCACCGCCTTCGCTTCCGCTGCAGCTGAATGGAAATTCTGATCCTGCGACTCCACTTCCAAGCAGTACCGATGGAGGAAGTGATATTTTGGATAATTATCCTCAAT...
XM_057944641.1
CTTTCACATTTTGGTTAGATTTTAGTTTCTCAGCTCACCTCACCGTACCTCATTTTGAATAATCTATACTCGCACCAATCCTCTCACCTCAGCTATGGCGGATTCTGCCCAACTCGACTCGGCTGATCCGCCACTAGCTCCGCCTTCACCACCGCCTTCGCTTCCGCTGCAGCTGAATGGAAATTCTGATCCTGCGACTCCACTTCCAAGCAGTACCGATGGAGGAAGTGATATTTTGGATAATTATCCTCAATCCAATG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131016069
ATGGCGGATTCTGCCCAACTCGACTCGGCTGATCCGCCACTAGCTCCGCCTTCACCACCGCCTTCGCTTCCGCTGCAGCTGAATGGAAATTCTGATCCTGCGACTCCACTTCCAAGCAGTACCGATGGAGGAAGTGATATTTTGGATAATTATCCTCAATCCAATGGCGTCGCGATGAAAAAATCAGCTAATCGGAGAGTGGAGACCCTGAGGACCTCAGAGGATCACTTTCGCCGGCGTTCGCCAAGACTGACTGGAAA...
LOC131016069
ATGGCGGATTCTGCCCAACTCGACTCGGCTGATCCGCCACTAGCTCCGCCTTCACCACCGCCTTCGCTTCCGCTGCAGCTGAATGGAAATTCTGATCCTGCGACTCCACTTCCAAGCAGTACCGATGGAGGAAGTGATATTTTGGATAATTATCCTCAATCCAATGGCGTCGCGATGAAAAAATCAGCTAATCGGAGAGTGGAGACCCTGAGGACCTCAGAGGATCACTTTCGCCGGCGTTCGCCAAGACTGACTGGAAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800624.1
MADSAQLDSADPPLAPPSPPPSLPLQLNGNSDPATPLPSSTDGGSDILDNYPQSNGVAMKKSANRRVETLRTSEDHFRRRSPRLTGNVAGERSVREVSSLKLDGPDEIYPPLKKPKGGKQVSFFIGGPVPDDEARRRWTWRYEGAEGKQNNELSPKHKVVVDDDDDGDKLVSNVKCHYSQAEISKIVFDLGDCAYVKGPKGRPNYVGKILEFFETMDGENYFSVQWFFRAEDTVIKNDGRSHDKKRLFYSTLVNDNLLDC...
XP_057800625.1
MADSAQLDSADPPLAPPSPPPSLPLQLNGNSDPATPLPSSTDGGSDILDNYPQSNGVAMKKSANRRVETLRTSEDHFRRRSPRLTGNVAGERSVREVSSLKLDGPDEIYPPLKKPKGGKQVSFFIGGPVPDDEARRRWTWRYEGAEGKQNNELSPKHKVVVDDDDDGDKLVSNVKCHYSQAEISKIVFDLGDCAYVKGPKGRPNYVGKILEFFETMDGENYFSVQWFFRAEDTVIKNDGRSHDKKRLFYSTLVNDNLLDC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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