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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002919

染色体: Chr03 坐标: 45940882-45946556 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002919
名称SmilChr03G002919
描述protein TORMOZ EMBRYO DEFECTIVE
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向45940882 - 45946556 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016071
GeneID131016071
locus_tag-
NCBI NameLOC131016071
原始查询LOC131016071

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TORMOZ EMBRYO DEFECTIVE
产物protein TORMOZ EMBRYO DEFECTIVE
ArabidopsisAT5G16750 (TOZ)
Transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831538]
identity=66.1; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0592700 (OsWD40-108)
-
identity=63.2; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000472 (endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0000480 (endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0005515 (protein binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0030686 (90S preribosome); GO:0032040 (small-subunit processome); GO:0034511 (U3 snoRNA binding)
KEGGsmil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00400 (WD40); PF08625 (Utp13)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016071

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800628.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057800628.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800628.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800628.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800628.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:45941744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B73,D7
Chr3:45941785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr3:45941944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr3:45942174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C44
Chr3:45942606 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B94
Chr3:45942606 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B94
Chr3:45942833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C73
Chr3:45943543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr3:45943575 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B124
Chr3:45943575 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B124
Chr3:45943795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:45943829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800628.1
882 aa
N
1
441
882
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
Utp13
C
PF00400 WD40 56-90 aa PF00400 WD40 95-132 aa PF00400 WD40 137-176 aa PF00400 WD40 181-218 aa PF00400 WD40 388-427 aa PF00400 WD40 434-471 aa PF00400 WD40 490-522 aa PF00400 WD40 530-564 aa PF00400 WD40 569-606 aa PF00400 WD40 612-648 aa PF08625 Utp13 671-804 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 56 90 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 95 132 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 137 176 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 181 218 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 388 427 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 434 471 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 490 522 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 530 564 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 569 606 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 612 648 2.5e-82 268.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057800628.1 Pfam PF08625 Utp13 Domain 671 804 1.4e-42 145.7 Utp13 specific WD40 associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944645.1
ATATAAAAGATTGAGATGCTGGAAAGACAAGTTTTATTCTAAAACCCTAAACCCTCTCGTCCTTTGTCTCCGTTAAGTTTCTTCGTCTCCGTTGAGTTGATGGCGTCGGCGGCGGTGACACTCAAGAAGAACTATCGATGCTTCCAATCTCTGCAGCAGTTCTACACCGGCGGCCCTTACGCCGTCGCCTCCGACGCCTCTTTTATCGTGTGCGCCTGCGACGACACCATCAAGATCGTCGATTCTTCTAACTCCGCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016071
ATGGCGTCGGCGGCGGTGACACTCAAGAAGAACTATCGATGCTTCCAATCTCTGCAGCAGTTCTACACCGGCGGCCCTTACGCCGTCGCCTCCGACGCCTCTTTTATCGTGTGCGCCTGCGACGACACCATCAAGATCGTCGATTCTTCTAACTCCGCCATTAGGTCAACCATCGAAGGCGACTCCGAACCTGTGACCGCCCTCGTCCTCAGCCCTGACGACAAGTTCATCTTCTCGTCCAGCCACAGCCGCCAAATTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800628.1
MASAAVTLKKNYRCFQSLQQFYTGGPYAVASDASFIVCACDDTIKIVDSSNSAIRSTIEGDSEPVTALVLSPDDKFIFSSSHSRQIRVWDVSTLKCFRSWKGHEGPVMGMACHSSGGLLATAGADKKVQVWDVDGGFCTHYFKGHKGVVTSLMFHPDPNRLLIFSGGDDTTVRVWDLAKKKCTATLEKHQSTVTSIAISEDGWTLLTAGRDKVVNIWDLHDYSCKTTVPTYEALEAVCTFDAASPFALCLSSSAQKNGKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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