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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002903

染色体: Chr03 坐标: 45774815-45777866 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002903
名称SmilChr03G002903
描述SWI/SNF complex component SNF12 homolog
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向45774815 - 45777866 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016083
GeneID131016083
locus_tag-
NCBI NameLOC131016083
原始查询LOC131016083

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SWI/SNF complex component SNF12 homolog
产物SWI/SNF complex component SNF12 homolog
ArabidopsisAT5G14170 (CHC1)
SWIB/MDM2 domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831267]
identity=67.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0382100 (OsSWIB)
-
identity=70.4; qcov=0.611; evalue=2.79e-178; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0016514 (SWI/SNF complex)
KEGGsmil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02201 (SWIB); PF29592 (SWIFT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016083

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800639.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057800639.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800639.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800639.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800639.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:45775851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr3:45775947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C73
Chr3:45776140 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A15
Chr3:45776140 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A15
Chr3:45776553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B59
Chr3:45776617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr3:45776673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr3:45776891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr3:45777027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B59
Chr3:45777170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800639.1
542 aa
N
1
271
542
SWIFT
SWIB
C
PF29592 SWIFT 208-320 aa PF02201 SWIB 327-399 aa
XP_057800640.1
542 aa
N
1
271
542
SWIFT
SWIB
C
PF29592 SWIFT 208-320 aa PF02201 SWIB 327-399 aa
XP_057800641.1
542 aa
N
1
271
542
SWIFT
SWIB
C
PF29592 SWIFT 208-320 aa PF02201 SWIB 327-399 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800639.1 Pfam PF29592 SWIFT Domain 208 320 1.4e-22 80.6 SWIFT domain
XP_057800639.1 Pfam PF02201 SWIB Domain 327 399 1.5e-21 76.6 SWIB/MDM2 domain
XP_057800640.1 Pfam PF29592 SWIFT Domain 208 320 1.4e-22 80.6 SWIFT domain
XP_057800640.1 Pfam PF02201 SWIB Domain 327 399 1.5e-21 76.6 SWIB/MDM2 domain
XP_057800641.1 Pfam PF29592 SWIFT Domain 208 320 1.4e-22 80.6 SWIFT domain
XP_057800641.1 Pfam PF02201 SWIB Domain 327 399 1.5e-21 76.6 SWIB/MDM2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944656.1
AATCGGCCCGGCCCATCACGTTTAAAGCTCATCGAATGAGAAGACAACCAGAAAACTGACGAACTCGAAGTCGCTGACTCGCCGAGCTACTATCAAAGACGGCGCGCGTAGAAGCCTAATTCACCAACCCAGCTAAATTCTGAGCCGTAATTCTTCCTGAAGGCTTCTGGAAATGCTTAGGTAAAACTACAGATTCACTTGGGTTTTGCGTTTGCTCGTAGATACAGCCATGGCCGCGAATAACAACAATCCTCAAAAGA...
XM_057944658.1
TTTAAAGCTCATCGAATGAGAAGACAACCAGAAAACTGACGAACTCGAAGTCGCTGACTCGCCGAGCTACTATCAAAGACGGCGCGCGTAGAAGCCTAATTCACCAACCCAGCTAAATTCTGAGCCGTAATTCTTCCTATACAGCCATGGCCGCGAATAACAACAATCCTCAAAAGAACATTGGGGCTTCATCCCCTTTTGGGAATTCTATGCCTGTGAATCCTTCACTGCAGCAGCAACTGGGGTCTGGATTTCAGGGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131016083
ATGGCCGCGAATAACAACAATCCTCAAAAGAACATTGGGGCTTCATCCCCTTTTGGGAATTCTATGCCTGTGAATCCTTCACTGCAGCAGCAACTGGGGTCTGGATTTCAGGGCCAGTTTCAGTTTTCAGAAGCTCAGGCGCAAGCGCTTGCCCAGGCTCAGTCGAAAGCACAGGCGCAAGCTCAGGCTCAGGTGCAGGCTCATGCCCATGCTCAAATGATGGCAGCTCATGCACAACTGCAAGCACAGTTGCAAGCTGC...
LOC131016083
ATGGCCGCGAATAACAACAATCCTCAAAAGAACATTGGGGCTTCATCCCCTTTTGGGAATTCTATGCCTGTGAATCCTTCACTGCAGCAGCAACTGGGGTCTGGATTTCAGGGCCAGTTTCAGTTTTCAGAAGCTCAGGCGCAAGCGCTTGCCCAGGCTCAGTCGAAAGCACAGGCGCAAGCTCAGGCTCAGGTGCAGGCTCATGCCCATGCTCAAATGATGGCAGCTCATGCACAACTGCAAGCACAGTTGCAAGCTGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800639.1
MAANNNNPQKNIGASSPFGNSMPVNPSLQQQLGSGFQGQFQFSEAQAQALAQAQSKAQAQAQAQVQAHAHAQMMAAHAQLQAQLQAAQGLSFNQGHPGGMGNLGSQSPSLSGAGSVGAKRFPQKPPARPPSFITSNVASPMRPMDASAAARRKKQKLPEKQLHERVAAILPESALYTQLLEFESRVDAALTRKKIDIQDALKTPTYLQKTLRIYVFNTFANQIRTIPKKPNAEPPTWTLKIIGRILEEGMDADQAAMMQK...
XP_057800640.1
MAANNNNPQKNIGASSPFGNSMPVNPSLQQQLGSGFQGQFQFSEAQAQALAQAQSKAQAQAQAQVQAHAHAQMMAAHAQLQAQLQAAQGLSFNQGHPGGMGNLGSQSPSLSGAGSVGAKRFPQKPPARPPSFITSNVASPMRPMDASAAARRKKQKLPEKQLHERVAAILPESALYTQLLEFESRVDAALTRKKIDIQDALKTPTYLQKTLRIYVFNTFANQIRTIPKKPNAEPPTWTLKIIGRILEEGMDADQAAMMQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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