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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002992

染色体: Chr03 坐标: 46732446-46735615 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002992
名称SmilChr03G002992
描述UNC93-like protein 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46732446 - 46735615 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016092
GeneID131016092
locus_tag-
NCBI NameLOC131016092
原始查询LOC131016092

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UNC93-like protein 1
产物UNC93-like protein 1
ArabidopsisAT1G18010 (AT1G18010)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838381]
identity=69.4; qcov=0.949; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0105400
-
identity=65.7; qcov=0.674; evalue=3.03e-134; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF05978 (UNC-93); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016092

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057800652.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800652.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800652.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800652.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800652.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46733970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr3:46734235 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B101
Chr3:46734235 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 1 B101
Chr3:46734245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C13
Chr3:46734250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B77,C3,C71,C9
Chr3:46734761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:46734803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B87,C70
Chr3:46734827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:46734975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr3:46734978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr3:46735019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800652.1
472 aa
N
1
236
472
MFS_1
UNC-93
C
PF07690 MFS_1 38-412 aa PF05978 UNC-93 60-258 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800652.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 38 412 3.3e-12 46.7 Major Facilitator Superfamily
XP_057800652.1 Pfam PF05978 UNC-93 Family 60 258 8.6e-18 65.4 Ion channel regulatory protein UNC-93

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098851.1
ATACCAATCACTCTAAAGTCTAATCCAAAGAAGACAAAAAAATCATAAACAGAAATGTTAAAAAGAATGAGGAATTGCGATAAAGGAATCTCAGCCGATACAGTTGTACCTTTGTGTATTGTTTCATCATAGTATCACAACGACTTCCCCAATCTCTTACAACTGGCAGTTGCTGCTTCATTTTCTCACACTAGCAATAAAAAACATCCTTCTTCAATCTCAATCTCAATCACAGCATAGTATATTACGAAATCCACAGT...
XR_009098849.1
ATACCAATCACTCTAAAGTCTAATCCAAAGAAGACAAAAAAATCATAAACAGAAATGTTAAAAAGAATGAGGAATTGCGATAAAGGAATCTCAGCCGATACAGTTGTACCTTTGTGTATTGTTTCATCATAGTATCACAACGACTTCCCCAATCTCTTACAACTGGCAGTTGCTGCTTCATTTTCTCACACTAGCAATAAAAAACATCCTTCTTCAATCTCAATCTCAATCACAGCATAGTATATTACGAAATCCACAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016092
ATGGGCAGCGTCGCCGATCAAGAAACCGGAAAGGGGTCGCCGGAGATGGATACAGGAACCCTCAAACCCTCCCTCTTCCGCTACAATTCTCCGCTAGTCCAAGTGGTGTTAATCGGATTCGTGTGCTTCTGCTGCCCCGGCATGTTCAACGCCCTCTCCGGCATGGGCGCCGGCGGCCAGGTGGACCCCACCGCCGCCAACAACGCCAACACCGCCCTCTACACGACCTTCGCCGTCTTCGGCGTCCTCGGCGGCGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800652.1
MGSVADQETGKGSPEMDTGTLKPSLFRYNSPLVQVVLIGFVCFCCPGMFNALSGMGAGGQVDPTAANNANTALYTTFAVFGVLGGGIYNILGPKLTLLCGCSTYVLYAASFLYYNHYQHQAFAIVAGALLGIGAGLLWTAQGAIMTSYPPHDRKGTYIALFWSIFNLGGVIGGLIPFAMNFHRTEARSVNDGTYIGFMVFMSIGTLLSLSILHPSRVIRDDGSRCTNITYSNVGVEARAICRLFLDWRMLLIVPASWASN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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