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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002957

染色体: Chr03 坐标: 46312661-46314233 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002957
名称SmilChr03G002957
描述uncharacterized SmilChr03G002957
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46312661 - 46314233 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016114
GeneID131016114
locus_tag-
NCBI NameLOC131016114
原始查询LOC131016114

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述rubredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831581]; symbol=ENH1; hit=AT5G17170; species=arabidopsis; confidence=high
产物rubredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831581]; symbol=ENH1; hit=AT5G17170; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G17170 (ENH1)
rubredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831581]
identity=75; qcov=0.922; evalue=2.75e-125; confidence=high
RiceOs08g0162600 (NP122)
-
identity=75.3; qcov=0.902; evalue=2.08e-119; confidence=high
GOGO:0005506 (iron ion binding); GO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016114

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057800706.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057800706.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057800706.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800706.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800706.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46312841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B95,C59
Chr3:46312890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr3:46313196 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B114
Chr3:46313196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr3:46313442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:46313472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B47,B57,B78,C33,C60
Chr3:46313491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr3:46313850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B50,C33
Chr3:46313989 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 7 A10,A5,B18,B51,B90,C22,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944723.1
AACATGGGAATCGAATTGGAAATATTATTAAATTAGAAAAAAGAAAAGAAAAATGAGAGTTTGGAATAAAAGAAAATCCAAGGTGGATAATGAGAAGAAACATGGTGATGTGTTGCGATTCTTGTGGTGAGTTATTAGTTGAATAAAATAGGCGTGTGGGTGTGGCTCTCCCAACTCTATCTTACAAATCCATTCCAACTTAAGCTATGGCTGCTGCAGGCACAGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTAACACCAACAACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016114
ATGGCTGCTGCAGGCACAGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTAACACCAACAACTCTAATCTCTTACACCCTCAATTTCAGAAAAGCAGTTTCCAAGGGGTGTCAATTCAAGAAGCGAAGAGGGGTGTGTTGGTTTTAGAGGGAATTAGCAGTAGAGTGAGAAAAAGGGGTTTTGAGATAAATGCAAGAGCTGGCACTGCCAAGAATATTGAGGTTGAAGTTGACAAACCATTGGGCCTCACTCTAGGCCAAAAGCAAGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800706.1
MAAAGTASLSLSLNTNNSNLLHPQFQKSSFQGVSIQEAKRGVLVLEGISSRVRKRGFEINARAGTAKNIEVEVDKPLGLTLGQKQGGGVVITAVENGGNAARAGLKAGDQVLYTSSFFGDELWPADKLGFTKTAIQAKPDSVYFVVSRGAEVDVKRLPKRPAPPAFGRKLTDSQKTRATHICLDCGYIYTLQKPFDDQPDEYACPQCRAPKKRFARYDVNTGKAIGGGAASLPIGVIVGLLVGVGGVAALLLFGLQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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