Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002908`

染色体: Chr03 坐标: 45837937-45841560 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002908`
名称	SmilChr03G002908
描述	uncharacterized protein At3g27210-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	45837937 - 45841560 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016119`
GeneID	`131016119`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016119`
原始查询	`LOC131016119`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0920100; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os01g0920100; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G01860` (AT3G01860) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820070] identity=46.3; qcov=0.36; evalue=4.5e-15; confidence=low
Rice	`Os01g0920100` - identity=33.2; qcov=1.02; evalue=5.33e-26; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016119

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057800715.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057800715.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057800715.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800715.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800715.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:45838190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr3:45838211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:45838221`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B126,B88,C13
`Chr3:45838221`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B126,B88,C13
`Chr3:45838251`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C55,D8
`Chr3:45838394`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr3:45838483`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	A19,B121,B135,B136,B52,C41,C53,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944732.1
TACTCCAATAATTCCACCTTTTCTGATGGGACCCAAAACCATGTTCTTTTCACACATTCGCACACTAACTTTGCTTTCAAATCCCTTCCCCCTCTCAAAATCTCTCTCATCAAATCTAGTTCTTTTCGCTTAATTTTCTTGTTTACTTTTGGCATTTTCAAAGCCATGAATTTCATCATCTAATCCGTTTCGCACCCCTCCAATTTATATTCCCATTTGCAGTGAGCGTAACGCAAGAACGCAATTCCTCTCCCTCCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016119
ATGGGATCGTGTGTTTCGGTGCACAAGGACTCGGATTCCCTCACGAAGCTCCGTTTCTCAATCGGATCGAGAAATGAGAAGCTTCTGATCCCATCGCCGGTCAAAGAGAAGCCCGTTACGGTCAACGCTGGGGATCGCACGGCTGCCGACGTAGCTGTCAGCTCACCCGCCTGTTATACTAGCGTAGGTAGCAAAGACGAAGCCTTCTTCGACTCCCAACCATGGTTAGAATCGGATTGTGAAGATGACTTCGTTAGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800715.1
MGSCVSVHKDSDSLTKLRFSIGSRNEKLLIPSPVKEKPVTVNAGDRTAADVAVSSPACYTSVGSKDEAFFDSQPWLESDCEDDFVSVNGDFSSSRGNTPVHVDSSLGKPLINKFGLEEANGEAPSPLDKKKRLSEFFKESLRDNEYDDEEGKSAPTSTTLAQQLMSTSATPDFSRANSGGSSEGATPNGVPREEDESLRSPQCCLPKLLSTRNLNDSRKRRSPARNAG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器