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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002997`

染色体: Chr03 坐标: 46777814-46779348 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002997`
名称	SmilChr03G002997
描述	60S ribosomal protein L9
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	46777814 - 46779348 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016151`
GeneID	`131016151`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016151`
原始查询	`LOC131016151`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L9
产物	60S ribosomal protein L9
Arabidopsis	`AT4G10450` (AT4G10450) Ribosomal protein L6 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826637] identity=83; qcov=1; evalue=1.41e-119; confidence=high
Rice	`Os02g0103700` - identity=78.3; qcov=1; evalue=1.23e-113; confidence=high
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0019843 (rRNA binding); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00347 (Ribosomal_L6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057800746.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800746.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800746.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800746.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800746.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:46778023`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C31
`Chr3:46778023`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C31
`Chr3:46778939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr3:46779021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr3:46779044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B20,B55,C58
`Chr3:46779048`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B20,B55,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800746.1

194 aa

194

Ribosomal_L6

PF00347 Ribosomal_L6 12-90 aa PF00347 Ribosomal_L6 102-181 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800746.1`	Pfam	`PF00347`	Ribosomal_L6	Domain	12	90	7.4e-24	85.1	Ribosomal protein L6
`XP_057800746.1`	Pfam	`PF00347`	Ribosomal_L6	Domain	102	181	7.4e-24	85.1	Ribosomal protein L6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944763.1
ATAAGAATAGTTTTATAGTACCGAACATAAAGCCCATTTACCTTATGAAGCCCAATAACCAGCTAGGGTTTTACACCTCACTAACCCTCCCTCTTTCTCTCTCTTATATCGTCGTCTGAAACTCCCTTCCTCTCTCTCTAAACTAGGGTCGCAGCTACACACAGTTCACACTTCACCCCACAAAATGAAGACGATCCTCTCCTCCGACACCATGGACATTCCCGACGGCATCAAGATCAAGGTCAAGGCCAAGGTGATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016151
ATGAAGACGATCCTCTCCTCCGACACCATGGACATTCCCGACGGCATCAAGATCAAGGTCAAGGCCAAGGTGATCGAAGTCGAGGGGCCCAGGGGCACGCTCTCGAAGAATTTCAAGCATCTGAATCTCGATTTCCAGCTCATCACCGATGAGGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGATGCCTGGTTCGGCAGCCGGAAAACCACCGCCTCCATCCGCACGGCGCTCAGCCACGTCAACAACCTAATCAACGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800746.1
MKTILSSDTMDIPDGIKIKVKAKVIEVEGPRGTLSKNFKHLNLDFQLITDEETGKKKLKIDAWFGSRKTTASIRTALSHVNNLINGVTKGYRYKMRFVYAHFPINASITNNGTAIEIRNFLGEKKVRKVDMLEGVSIVRSEKVKDELVLEGNDIELVSRSCALINQKCHVKNKDIRKFLDGIYVSEKGAIAVEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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