Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000307`

染色体: Chr01 坐标: 5996885-5999755 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000307`
名称	SmilChr01G000307
描述	60S ribosomal protein L2, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	5996885 - 5999755 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016154`
GeneID	`131016154`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016154`
原始查询	`LOC131016154`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L2, mitochondrial-like
产物	60S ribosomal protein L2%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`ATMG00560` (rpl2) - identity=55.6; qcov=0.47; evalue=2.44e-09; confidence=low
Rice	`gene-rpl2-2` - identity=52.9; qcov=0.591; evalue=8.4e-13; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00181 (Ribosomal_L2_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016154

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057800753.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800753.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800753.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800753.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800753.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:5997529`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:5997817`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,B29,B40
`Chr1:5997826`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr1:5997836`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B31,D8
`Chr1:5997855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,C6
`Chr1:5997868`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr1:5997877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A20,B126,B29
`Chr1:5997892`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	28	A20,B100,B117,B129,B131,B15,B16,B21,B29,B34,B5,B54,B55,B56,B6,B86,C2,C31,C32,C46,C50,C59,C60,C62,C75,C79,C8,D11
`Chr1:5997896`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B49,B79,C45,C51
`Chr1:5997897`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	27	A20,B100,B117,B129,B131,B15,B16,B21,B34,B5,B54,B55,B56,B6,B86,C2,C31,C32,C46,C50,C59,C60,C62,C75,C79,C8,D11
`Chr1:5997905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A8,B122,B131,B18,B28,B56,B59,B68,B71,C49,C54,C61,C78
`Chr1:5997937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B50,C53,C58,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800753.1

117 aa

117

Ribosomal_L2_N

PF00181 Ribosomal_L2_N 68-98 aa

XP_057800761.1

115 aa

115

Ribosomal_L2_N

PF00181 Ribosomal_L2_N 68-98 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800753.1`	Pfam	`PF00181`	Ribosomal_L2_N	Domain	68	98	1.4e-06	28.9	Ribosomal Proteins L2, RNA binding N-terminal domain
`XP_057800761.1`	Pfam	`PF00181`	Ribosomal_L2_N	Domain	68	98	1.5e-06	28.9	Ribosomal Proteins L2, RNA binding N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944778.1
GAGAGATTTATTCTCTGTCGCGACTTCTCAAACAATCGGTGCCTAATTTGGTATCTGACGCCTTACCATAGGAGCCTCCATGGTATGCCAGCTCTTCTCTGACGCCCTACCATATATGCGCCTCTCTTCCCCTCCCAAATCTAGAATCATAAGTCGTCGCAACCGGCTCCGTCTCCTTCAGTCGGCTGCAGCTCACCAGGGAACGCCGCGCCGCTATTCTTCTTCACGAAAAATTTCTCCCTCAAGCTGCTGCTTCTTCT...

XM_057944770.1
GAGAGATTTATTCTCTGTCGCGACTTCTCAAACAATCGGTGCCTAATTTGGTATCTGACGCCTTACCATAGGAGCCTCCATGGTATGCCAGCTCTTCTCTGACGCCCTACCATATATGCGCCTCTCTTCCCCTCCCAAATCTAGAATCATAAGTCGTCGCAACCGGCTCCGTCTCCTTCAGTCGGCTGCAGCTCACCAGGGAACGCCGCGCCGCTATTCTTCTTCACGAAAAATTTCTCCCTCAAGCTGCTGCTTCTTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131016154
ATGTCCGCCGCCGCTAGAACAGTCTTCCGTTCCGCCTCTACATCCGCTCGCAGTGCCACGGCGAGACTATCCACCTCCATTTACAGGTCTCCTGTAGAGACGAGCAGTTTTAGCGATGCTTCGATTTCGCCGCACCGCGGTCAATTCGGGAATGTAGATGGAAGAAACTTCTCAACGAAGACGAGGAGATTTCGATTTCAGCACAGAATCGATCTGAAACGAAGCACTTCAGCCACTGGAATCGTGGAAAGGATAGAGTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057800753.1
MSAAARTVFRSASTSARSATARLSTSIYRSPVETSSFSDASISPHRGQFGNVDGRNFSTKTRRFRFQHRIDLKRSTSATGIVERIEYDPNRTSRIALKHVWFRSRITGKLESKYEVS

XP_057800761.1
MSAAARTVFRSASTSARSATARLSTSIYRSPVETSSFSDASISPHRGQFGNVDGRNFSTKTRRFRFQHRIDLKRSTSATGIVERIEYDPNRTSRIALKHVWFRSRITGLQEAQQN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器