Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003003`

染色体: Chr03 坐标: 46880113-46883906 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003003`
名称	SmilChr03G003003
描述	NAC domain-containing protein 91
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	46880113 - 46883906 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016156`
GeneID	`131016156`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016156`
原始查询	`LOC131016156`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NAC domain-containing protein 91
产物	NAC domain-containing protein 91
Arabidopsis	`AT5G24590` (TIP) TCV-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832530] identity=46.5; qcov=0.592; evalue=8.97e-90; confidence=medium
Rice	`Os08g0157900` (ONAC037) - identity=37.2; qcov=0.69; evalue=9.04e-62; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02365 (NAM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800751.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800751.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800751.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800751.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057800751.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:46881119`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B18,B19,B85
`Chr3:46882276`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr3:46882281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr3:46882298`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A25,B28,B34,B5,B71,B93,B97,C26,C32,C44,C46,C62,C68,C7,C76
`Chr3:46882301`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A25,B28,B34,B5,B71,B93,B97,C26,C32,C44,C46,C62,C68,C7,C76
`Chr3:46882451`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B49,B79,C8
`Chr3:46882801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B124,B49,B79,C8
`Chr3:46882899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B124,B49,B79,C8
`Chr3:46882943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,C47
`Chr3:46883350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800751.1

608 aa

304

608

NAM

PF02365 NAM 10-136 aa

XP_057800752.1

588 aa

294

588

NAM

PF02365 NAM 10-136 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800751.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	10	136	1.8e-46	158.3	No apical meristem (NAM) protein
`XP_057800752.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	10	136	1.7e-46	158.4	No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944768.1
CGCTCACTCATCTACTGCTCTTTCTCAGAAAATTCCTCCTCTACTCTCTCTCACTATATTTCTTTCCTTTTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTAAAAAAATCTCGGATCCTCAGCTCGAACCCCACTGAATTTTCCCTGAATCTCATCCTCTTTTGTTAGAGCTTCTTCTCTTATAAATTTACTTCACCTTTAACACGCTTCTCTGTTTTTACCCTTTATTTTTCCAAAAAGCAAAAGTGTTTACTGTCAATGGCTGTGCTT...

XM_057944769.1
CTGCTCTTTCTCAGAAAATTCCTCCTCTACTCTCTCTCACTATATTTCTTTCCTTTTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTAAAAAAATCTCGGATCCTCAGCTCGAACCCCACTGAATTTTCCCTGAATCTCATCCTCTTTTGTTAGAGCTTCTTCTCTTATAAATTTACTTCACCTTTAACACGCTTCTCTGTTTTTACCCTTTATTTTTCCAAAAAGCAAAAGTGTTTACTGTCAATGGCTGTGCTTCCGGTTAAGGCTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131016156
ATGGCTGTGCTTCCGGTTAAGGCTTTACCGGTGGGATATAGATTCCGGCCGACGGACGAGGAGCTGATCGATCACTACTTGAGGCTCAAAATCAATAGGCGGGATAAGGAAGTCAGTGTTATTCGTGAAATTGATGTTTGTAAATGGGAGCCCTGGGATTTACCTGATTTATCTGTGGTAGAGTCTACTGACAATGAGTGGTTCTTCTTCTGCCCTAAGGATCGTAAATACCAAAATGGTCAGAGATTGAACCGGGCTAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057800751.1
MAVLPVKALPVGYRFRPTDEELIDHYLRLKINRRDKEVSVIREIDVCKWEPWDLPDLSVVESTDNEWFFFCPKDRKYQNGQRLNRATEKGYWKATGKDRNITTRKGVKIGMKKTLVFYMGRAPDGKRTNWVIHEYRATDKSLDGTHPGQGAYVLCRLFRKAELKQDDITASSNINEVEEIIASPPEVRSVEDEQSEPVSPSLGGMVEPRPSSVESHQTLSTQKAADSTPIPLDWHSNSGIADEMEDNVLDIKSIPPNPEL...

XP_057800752.1
MAVLPVKALPVGYRFRPTDEELIDHYLRLKINRRDKEVSVIREIDVCKWEPWDLPDLSVVESTDNEWFFFCPKDRKYQNGQRLNRATEKGYWKATGKDRNITTRKGVKIGMKKTLVFYMGRAPDGKRTNWVIHEYRATDKSLDGTHPGQGAYVLCRLFRKAELKQDDITASSNINEVEEIIASPPEVRSVEDEQSEPVSPSLGGMVEPRPSSVESHQTLSTQKAADSTPIPLDWHSNSGIADEMEDNVLDIKSIPPNPEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器