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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003009

染色体: Chr03 坐标: 46933135-46934703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003009
名称SmilChr03G003009
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 23
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向46933135 - 46934703 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016159
GeneID131016159
locus_tag-
NCBI NameLOC131016159
原始查询LOC131016159

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 23
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 23
ArabidopsisAT4G27590 (AT4G27590)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828869]
identity=50; qcov=1.09; evalue=1.44e-45; confidence=medium
RiceOs04g0581800
-
identity=65.4; qcov=0.536; evalue=7.44e-36; confidence=medium
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00403 (HMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016159

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057800756.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057800756.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057800756.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057800756.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800756.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:46934200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B52,C41,C6,C75
Chr3:46934386 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 33 A1,A19,A2,A8,B102,B107,B108,B132,B26,B3,B30,B36,B42,B43,B47,B57,B64,B78,C14,C16,C17,C24,C29,C30,C35,C41,C5,C56,C6,C7,C75,C76,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800756.1
151 aa
N
1
76
151
HMA
C
PF00403 HMA 29-60 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800756.1 Pfam PF00403 HMA Domain 29 60 8.9e-09 36.3 Heavy-metal-associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944773.1
ATAAATATATATGTGTTAATTGTAAATGTTTGATTTAGATCTTATATCAGGTATAACATTTATAGAATTACAAAAAAGGTAAAAAGTTTTCCTTTCTCTTTCTCAAAAAAGTTGCAAACTAAAATTTTCAGAAACATTGTGACAAGGCAAAAGCAACTTTAGAGATGGAATAAATGAGAAGATAAAAGTAGCCTTAATCCATCTTTTGAGAGGGAATCTGGACTGCATGCCTATGTCAGCTACATTTTCATGGATAATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016159
ATGGGTGAGCAGCTGCAAATAGTAGTAGCAGGGAAGAATGTGGAGGCACAATATGTGGAGATGATGGTGCCTTTGTATTCTTTTGGATGTGAGAGGAAAATTAAGAATGCTTTGGCTAATCTCAAAGGTATATATTCAGTGAAGGTAGATTTTGAGCAACAAAAGGTGACAGTGTGGGGAATTTGCGACAAATGCGACGTACTCTCCAAAGTGAAGAACAAGAGGAAAGGAGCACGCTTTTGGGAATTGGAAGATCAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800756.1
MGEQLQIVVAGKNVEAQYVEMMVPLYSFGCERKIKNALANLKGIYSVKVDFEQQKVTVWGICDKCDVLSKVKNKRKGARFWELEDQISVQESHFASAPSSPQHSSLSIKKNSAKYLAIIKRQSLNLSLSMLKSRSMNWRALKKVFGRSNSF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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