当前解析结果
SmilChr03G003009| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003009 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003009 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 23 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 46933135 - 46934703 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016159 |
|---|---|
| GeneID | 131016159 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016159 |
| 原始查询 | LOC131016159 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 23 |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 23 |
| Arabidopsis | AT4G27590 (AT4G27590)Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828869] identity=50; qcov=1.09; evalue=1.44e-45; confidence=medium |
| Rice | Os04g0581800- identity=65.4; qcov=0.536; evalue=7.44e-36; confidence=medium |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016159 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057800756.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057800756.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057800756.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057800756.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800756.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:46934200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B136,B52,C41,C6,C75 |
Chr3:46934386 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 33 | A1,A19,A2,A8,B102,B107,B108,B132,B26,B3,B30,B36,B42,B43,B47,B57,B64,B78,C14,C16,C17,C24,C29,C30,C35,C41,C5,C56,C6,C7,C75,C76,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800756.1PF00403
HMA 29-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800756.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 29 | 60 | 8.9e-09 | 36.3 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。