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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003032

染色体: Chr03 坐标: 47231680-47236128 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003032
名称SmilChr03G003032
描述GDSL esterase/lipase At1g54790-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向47231680 - 47236128 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016176
GeneID131016176
locus_tag-
NCBI NameLOC131016176
原始查询LOC131016176

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At1g54790-like
产物GDSL esterase/lipase At1g54790-like
ArabidopsisAT1G54790 (AT1G54790)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841920]
identity=55.5; qcov=0.966; evalue=3.39e-159; confidence=high
RiceOs05g0401000 (OsGELP66)
-
identity=55.4; qcov=0.882; evalue=1.09e-147; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016176

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057800788.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057800788.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800788.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800788.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800788.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47231796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:47231822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:47231835 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B46,C76
Chr3:47231837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B58,C31
Chr3:47231868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr3:47231938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:47231957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C22
Chr3:47232313 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B103,B46,C76
Chr3:47232313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B46,C76
Chr3:47232361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:47232382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C47
Chr3:47232457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B134,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800788.1
407 aa
N
1
204
407
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 56-382 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800788.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 56 382 2e-47 162.8 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944805.1
CACCACTCAATTTTCACATGATTGCAACTCAAGAAATATTTTCCTTCAAATATTCTCCATCTGTAAACACTTCATCGATCGTCTCATTCAACTTGTTAATGGATTTCCCCACATTTGTTATTTGCCAAATTCTCTTACATTCTATTGCAAAAGTTGAATCTTTCGAGTTTAAGTATCATACCGTTTTCAATTTTGGAGACTCGAATTCGGATACGGGAGGACTGGCTGCCGGAATCGCCTTTCCAATCGGGCCGCCGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016176
ATGATTGCAACTCAAGAAATATTTTCCTTCAAATATTCTCCATCTGTAAACACTTCATCGATCGTCTCATTCAACTTGTTAATGGATTTCCCCACATTTGTTATTTGCCAAATTCTCTTACATTCTATTGCAAAAGTTGAATCTTTCGAGTTTAAGTATCATACCGTTTTCAATTTTGGAGACTCGAATTCGGATACGGGAGGACTGGCTGCCGGAATCGCCTTTCCAATCGGGCCGCCGCATGGACAAACATTCTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800788.1
MIATQEIFSFKYSPSVNTSSIVSFNLLMDFPTFVICQILLHSIAKVESFEFKYHTVFNFGDSNSDTGGLAAGIAFPIGPPHGQTFFQKPAGRLCDGRLITDFLMDAMGLPFMNPYLDSVGAPNFKSGCNFATGGSTILPAKPNAISPFSLDIQVAQFIRFKARVLDVITKDKKLQEFVPSPDDFKQGVYMLDIGQNDIDRAFGYMSQDQVFALIPTILSQFRLRIQKLYGEGGRNFWIHNTGPLGCLPRIIATFGQNASK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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