Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003046

染色体: Chr03 坐标: 47362738-47373446 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003046
名称SmilChr03G003046
描述protein HUA2-LIKE 3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向47362738 - 47373446 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016192
GeneID131016192
locus_tag-
NCBI NameLOC131016192
原始查询LOC131016192

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein HUA2-LIKE 3-like
产物protein HUA2-LIKE 3-like
ArabidopsisAT3G63070 (AT3G63070)
Tudor/PWWP/MBT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825482]
identity=46; qcov=0.296; evalue=8.84e-91; confidence=weak
RiceOs03g0358000
-
identity=50; qcov=0.222; evalue=5.07e-71; confidence=weak
GOGO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00855 (PWWP); PF04818 (CID); PF12243 (CTK3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800803.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800803.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800803.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800803.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057800803.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47364878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C45
Chr3:47364883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C45
Chr3:47365566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr3:47365670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C18
Chr3:47366159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B46,C76
Chr3:47366250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr3:47366277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr3:47366690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C47
Chr3:47366877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C39,C51,C58,C61
Chr3:47366953 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C85
Chr3:47366953 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 C85
Chr3:47367022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800803.1
1396 aa
N
1
698
1396
PWWP
CTK3
CID
C
PF00855 PWWP 25-107 aa PF12243 CTK3 846-966 aa PF04818 CID 850-973 aa
XP_057800804.1
1380 aa
N
1
690
1380
PWWP
CTK3
CID
C
PF00855 PWWP 25-107 aa PF12243 CTK3 846-966 aa PF04818 CID 850-973 aa
XP_057800805.1
1363 aa
N
1
682
1363
PWWP
CTK3
CID
C
PF00855 PWWP 7-74 aa PF12243 CTK3 813-933 aa PF04818 CID 817-940 aa
XP_057800806.1
1363 aa
N
1
682
1363
PWWP
CTK3
CID
C
PF00855 PWWP 7-74 aa PF12243 CTK3 813-933 aa PF04818 CID 817-940 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800803.1 Pfam PF00855 PWWP Domain 25 107 1.4e-16 61.5 PWWP domain
XP_057800803.1 Pfam PF12243 CTK3 Repeat 846 966 2.6e-08 34.7 CTD kinase subunit gamma CTK3
XP_057800803.1 Pfam PF04818 CID Repeat 850 973 7.2e-15 56.0 CID domain
XP_057800804.1 Pfam PF00855 PWWP Domain 25 107 1.4e-16 61.5 PWWP domain
XP_057800804.1 Pfam PF12243 CTK3 Repeat 846 966 2.5e-08 34.7 CTD kinase subunit gamma CTK3
XP_057800804.1 Pfam PF04818 CID Repeat 850 973 7.1e-15 56.0 CID domain
XP_057800805.1 Pfam PF00855 PWWP Domain 7 74 4.8e-06 27.7 PWWP domain
XP_057800805.1 Pfam PF12243 CTK3 Repeat 813 933 2.5e-08 34.7 CTD kinase subunit gamma CTK3
XP_057800805.1 Pfam PF04818 CID Repeat 817 940 6.9e-15 56.1 CID domain
XP_057800806.1 Pfam PF00855 PWWP Domain 7 74 4.8e-06 27.7 PWWP domain
XP_057800806.1 Pfam PF12243 CTK3 Repeat 813 933 2.5e-08 34.7 CTD kinase subunit gamma CTK3
XP_057800806.1 Pfam PF04818 CID Repeat 817 940 6.9e-15 56.1 CID domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944820.1
TTTACCAAATTCTCACAGCTTTCCTTCCACAAAACACTCACCCAACAAGGCTAAACCATTCTCTTACTCCCCAACCCCACCCTACCCTACGCTCTGTGACGAGGATTTAGGGTTTCTCTGTCTACTCCATTGAGCTCAGTGTGCTCAATTATATCTGAATGAGGGAGTTTTTTTACACTCAATTTTCTTTTTGGATAATAATTGGGGTACATGCAAAAATTAGAGTAGGATACTAGGGTTTTCTGCTGTTGCTTGATTTG...
XM_057944821.1
TTTACCAAATTCTCACAGCTTTCCTTCCACAAAACACTCACCCAACAAGGCTAAACCATTCTCTTACTCCCCAACCCCACCCTACCCTACGCTCTGTGACGAGGATTTAGGGTTTCTCTGTCTACTCCATTGAGCTCAGTGTGCTCAATTATATCTGAATGAGGGAGTTTTTTTACACTCAATTTTCTTTTTGGATAATAATTGGGGTACATGCAAAAATTAGAGTAGGATACTAGGGTTTTCTGCTGTTGCTTGATTTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131016192
ATGGCGCCGAGCCGGAGAAAAGGTGCCAATAAGGCTGCGGCAACAGCCGCCGCCCGGCGGAAATGGAAAGTAGGCGATCTTGTGCTTGCTAAAGTCAAAGGATTTCCGGCGTGGCCCGCGACGGTGAGTGAGCCAGAAAAGTGGGGTTACACTGCTGACTGGAAGAAAGTAGTAGTACATTTTTTTGGGACTGAACAAATTGCTTTCTGTAATCCTGCTGATGTAGAAGAATTCACGGAAGAGAAGAAGGTGTCTCTATT...
LOC131016192
ATGGCGCCGAGCCGGAGAAAAGGTGCCAATAAGGCTGCGGCAACAGCCGCCGCCCGGCGGAAATGGAAAGTAGGCGATCTTGTGCTTGCTAAAGTCAAAGGATTTCCGGCGTGGCCCGCGACGGTGAGTGAGCCAGAAAAGTGGGGTTACACTGCTGACTGGAAGAAAGTAGTAGTACATTTTTTTGGGACTGAACAAATTGCTTTCTGTAATCCTGCTGATGTAGAAGAATTCACGGAAGAGAAGAAGGTGTCTCTATT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057800803.1
MAPSRRKGANKAAATAAARRKWKVGDLVLAKVKGFPAWPATVSEPEKWGYTADWKKVVVHFFGTEQIAFCNPADVEEFTEEKKVSLLGRRHGKGADFVRAVNEIIDCFEKLKKQDQGTKANGTDGADIANENIDGSLTECVKDDGVVVTVKQLSTGTTNDLNSLTEAALAAAAEDALHDEEMQLNEIPSKMVSPETPTSATYLVRDQSDVGRPKKSGLRRRKSTRVLRSSSRVDASRPQSTLMPSTSNTRSSRRAGANVS...
XP_057800804.1
MAPSRRKGANKAAATAAARRKWKVGDLVLAKVKGFPAWPATVSEPEKWGYTADWKKVVVHFFGTEQIAFCNPADVEEFTEEKKVSLLGRRHGKGADFVRAVNEIIDCFEKLKKQDQGTKANGTDGADIANENIDGSLTECVKDDGVVVTVKQLSTGTTNDLNSLTEAALAAAAEDALHDEEMQLNEIPSKMVSPETPTSATYLVRDQSDVGRPKKSGLRRRKSTRVLRSSSRVDASRPQSTLMPSTSNTRSSRRAGANVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器