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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003053

染色体: Chr03 坐标: 47413081-47417391 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003053
名称SmilChr03G003053
描述DUF21 domain-containing protein At4g14240
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向47413081 - 47417391 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016198
GeneID131016198
locus_tag-
NCBI NameLOC131016198
原始查询LOC131016198

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF21 domain-containing protein At4g14240
产物DUF21 domain-containing protein At4g14240
ArabidopsisAT1G03270 (AT1G03270)
CBS domain protein with a domain protein (DUF21) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838595]
identity=73; qcov=0.976; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0395300 (OsCBSDUF1)
-
identity=72.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0010960 (magnesium ion homeostasis); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF01595 (CNNM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016198

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057800815.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800815.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800815.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800815.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800815.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47413412 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 129 A1,A10,A13,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A6,A8,B1,B101,B102,B106,B107,B108,B109,B11,B114,B115,B117,B12,B120,B121,B122,B13,B131,B132,B134,B139,B15,B19,B2,B20,B21,B24,B26,B3,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B47,B48,B55,B57,B59,B61,B63,B64,B66,B67,B69,B74,B76,B77,B78,B8,B80,B83,B84,B86,B88,B89,B9,B91,B93,B94,B97,B98,B99,C12,C13,C16,C18,C19,C20,C23,C24,C25,C26,C28,C32,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C50,C51,C53,C56,C58,C59,C6,C64,C66,C68,C7,C70,C71,C74,C76,C78,C8,C82,C83,C85,C86,C9,D1,D10,D4,D5,D7
Chr3:47413447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:47413799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:47413828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B104,B134
Chr3:47414183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:47414392 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B36
Chr3:47414392 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B36
Chr3:47415849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B99,C14,C44
Chr3:47416624 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 30 A20,A8,A9,B11,B12,B129,B139,B19,B28,B34,B54,B55,B61,B67,B68,B7,B77,B89,B90,B99,C12,C20,C3,C34,C35,C64,C66,D1,D11,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800815.1
459 aa
N
1
230
459
CNNM
C
PF01595 CNNM 37-207 aa
XP_057800816.1
455 aa
N
1
228
455
CNNM
C
PF01595 CNNM 37-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800815.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 37 207 1.4e-31 110.3 Cyclin M transmembrane N-terminal domain
XP_057800816.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 37 207 1.4e-31 110.3 Cyclin M transmembrane N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944833.1
GGATTTGAATCTTGAATCTCATTATTCGTAGACATGAGTTCGCACGTGCTGATGTCACGTTATGGACAACAGTGTGTATATTTAAGAAGGGTGGGTAGACGGACTATATGAGTCTATATTTGCACTTGTAAAAATCCCTATCAAGTCGAAAGGTTGACCGGCAGTTGCCCCCTCCGTCCAAAAAAGCAGAAGCCGGCCGACCACCACCGCCGCCGCTGGCGATCGGTTTCGAGATCGTGCAACGGTGCAACCTATGTGAA...
XM_057944832.1
ATTTGAATCTTGAATCTCATTATTCGTAGACATGAGTTCGCACGTGCTGATGTCACGTTATGGACAACAGTGTGTATATTTAAGAAGGGTGGGTAGACGGACTATATGAGTCTATATTTGCACTTGTAAAAATCCCTATCAAGTCGAAAGGTTGACCGGCAGTTGCCCCCTCCGTCCAAAAAAGCAGAAGCCGGCCGACCACCACCGCCGCCGCTGGCGATCGGTTTCGAGATCGTGCAACGGTGCAACCTATGTGAAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016198
ATGAGTTGGTCGGTGAATGCGGCGGCGATGGTGGAGCCGAGAGCGTTCTTCGCCGATTCCAACGACATCGAATTTGGCGATCCCTGGTGGTTTGTCTACGCCAGCGTTTCGTGTTTCCTCGTTCTCTTCGCCGGAATCATGTCCGGTTTGACTCTCGGCTTGATGTCTCTGGGAATCGTTGAGCTCGAGATACTGCAGCGGAGCGGCAGCTCCACGGAGAAGAAACAAGCTGCTGTTATTTTTCCGGTAGTTCAGAAGCA...
LOC131016198
ATGAGTTGGTCGGTGAATGCGGCGGCGATGGTGGAGCCGAGAGCGTTCTTCGCCGATTCCAACGACATCGAATTTGGCGATCCCTGGTGGTTTGTCTACGCCAGCGTTTCGTGTTTCCTCGTTCTCTTCGCCGGAATCATGTCCGGTTTGACTCTCGGCTTGATGTCTCTGGGAATCGTTGAGCTCGAGATACTGCAGCGGAGCGGCAGCTCCACGGAGAAGAAACAAGCTGCTGTTATTTTTCCGGTAGTTCAGAAGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057800815.1
MSWSVNAAAMVEPRAFFADSNDIEFGDPWWFVYASVSCFLVLFAGIMSGLTLGLMSLGIVELEILQRSGSSTEKKQAAVIFPVVQKQHQLLVTLLLCNAAAMEALPLYLDKLFHPVVAVILSVTFVLAFGEIIPQAACSRYGLAVGANCVWLVRILMIICYPIAYPIGKILDSVLGHQDALFRRPQLKALVSIHSQEAGRGGELTHDEATIINGALDLTEKTAEEAMTPIESTFSLDVNTKLNWETIGKILARGHSRIPV...
XP_057800816.1
MSWSVNAAAMVEPRAFFADSNDIEFGDPWWFVYASVSCFLVLFAGIMSGLTLGLMSLGIVELEILQRSGSSTEKKQAAVIFPVVQKQHQLLVTLLLCNAAAMEALPLYLDKLFHPVVAVILSVTFVLAFGEIIPQAACSRYGLAVGANCVWLVRILMIICYPIAYPIGKILDSVLGHQDALFRRPQLKALVSIHSQEAGRGGELTHDEATIINGALDLTEKTAEEAMTPIESTFSLDVNTKLNWETIGKILARGHSRIPV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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