当前解析结果
SmilChr03G003053| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003053 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003053 |
| 描述 | DUF21 domain-containing protein At4g14240 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 47413081 - 47417391 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016198 |
|---|---|
| GeneID | 131016198 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016198 |
| 原始查询 | LOC131016198 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DUF21 domain-containing protein At4g14240 |
| 产物 | DUF21 domain-containing protein At4g14240 |
| Arabidopsis | AT1G03270 (AT1G03270)CBS domain protein with a domain protein (DUF21) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838595] identity=73; qcov=0.976; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0395300 (OsCBSDUF1)- identity=72.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0010960 (magnesium ion homeostasis); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01595 (CNNM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016198 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057800815.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800815.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800815.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800815.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057800815.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:47413412 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 129 | A1,A10,A13,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A6,A8,B1,B101,B102,B106,B107,B108,B109,B11,B114,B115,B117,B12,B120,B121,B122,B13,B131,B132,B134,B139,B15,B19,B2,B20,B21,B24,B26,B3,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B47,B48,B55,B57,B59,B61,B63,B64,B66,B67,B69,B74,B76,B77,B78,B8,B80,B83,B84,B86,B88,B89,B9,B91,B93,B94,B97,B98,B99,C12,C13,C16,C18,C19,C20,C23,C24,C25,C26,C28,C32,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C50,C51,C53,C56,C58,C59,C6,C64,C66,C68,C7,C70,C71,C74,C76,C78,C8,C82,C83,C85,C86,C9,D1,D10,D4,D5,D7 |
Chr3:47413447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr3:47413799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:47413828 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B104,B134 |
Chr3:47414183 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr3:47414392 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B36 |
Chr3:47414392 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr3:47415849 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B27,B99,C14,C44 |
Chr3:47416624 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 30 | A20,A8,A9,B11,B12,B129,B139,B19,B28,B34,B54,B55,B61,B67,B68,B7,B77,B89,B90,B99,C12,C20,C3,C34,C35,C64,C66,D1,D11,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800815.1PF01595
CNNM 37-207 aa
XP_057800816.1PF01595
CNNM 37-207 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800815.1 |
Pfam | PF01595 |
CNNM | Domain | 37 | 207 | 1.4e-31 | 110.3 | Cyclin M transmembrane N-terminal domain |
XP_057800816.1 |
Pfam | PF01595 |
CNNM | Domain | 37 | 207 | 1.4e-31 | 110.3 | Cyclin M transmembrane N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。