Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003066`

染色体: Chr03 坐标: 47634779-47636650 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003066`
名称	SmilChr03G003066
描述	protein trichome birefringence-like 11
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	47634779 - 47636650 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016213`
GeneID	`131016213`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016213`
原始查询	`LOC131016213`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein trichome birefringence-like 11
产物	protein trichome birefringence-like 11
Arabidopsis	`AT5G19160` (TBL11) TRICHOME BIREFRINGENCE-LIKE 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832036] identity=58.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0145400` (OsTBL23) - identity=62.2; qcov=0.83; evalue=2.76e-167; confidence=high
GO	GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016413 (O-acetyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF13839 (PC-Esterase); PF14416 (PMR5N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057800836.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800836.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800836.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800836.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800836.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:47635184`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr3:47635310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B118,B41,B75,C10,C74
`Chr3:47635567`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B12,B135,B48,C71
`Chr3:47635570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	204	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A24,A25,A4,A5,A6,A8,A9,B10,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B120,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B26,B27,B28,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B43,B44,B46,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B90,B91,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C53,C54,C56,C57,C59,C6,C62,C65,C67,C69,C7,C70,C71,C75,C77,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D9
`Chr3:47635597`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,C38,C82
`Chr3:47635606`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B71,C62
`Chr3:47635620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	31	A10,A11,A13,B107,B11,B118,B119,B121,B125,B126,B134,B2,B22,B24,B27,B42,B6,B66,B69,B79,B81,C10,C22,C23,C26,C35,C4,C56,C64,C66,C78
`Chr3:47635623`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B43,B95,C39
`Chr3:47635623`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B43,B95,C39
`Chr3:47635627`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B97
`Chr3:47635627`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B97
`Chr3:47635671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B135,B14,B23,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800836.1

418 aa

209

418

PMR5N

PC-Esterase

PF14416 PMR5N 71-123 aa PF13839 PC-Esterase 124-407 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800836.1`	Pfam	`PF14416`	PMR5N	Domain	71	123	3.9e-22	79.0	PMR5 N terminal Domain
`XP_057800836.1`	Pfam	`PF13839`	PC-Esterase	Family	124	407	1.3e-96	324.6	GDSL/SGNH-like Acyl-Esterase family found in Pmr5 and Cas1p

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944853.1
GCAAAACCGCTTTGCCACAATGTTTGTCTACTCTTTCGAAGTTGCCCCCATTAAATAATTAATCAAACTTATTCGATCCACTCCTTTGCACTTTGGTCCGCAATCATTTCTTAGACTCCCCTCTCTCTCTCTCTTTTCATCTCATTGCTTGTTCTCTTCTCTTCATAAGAGACAGACGCAGAGAACTACTGACCGTCCAATCAAAATCTGATCTGCAACACAACACCTCTCCGTGCAACAGCAAACCGATGAGAGAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016213
ATGAGCCACATAGATTTTGTGAAGAAATTGAAGTTGTTGAAGCCTGAAGAGCCTACTCATGCAGTTCTTGGATGCTTCTTTTTCAGCCTCTGCTCAATCTCTTTCTTTCTCCTTCTGGATTACAGATTCCTTAGTGGGCAGTTGCTGTTTGTGAGCAGTTGGTTGAAGTCGAATGAATCGGCATCACCCAGAGTTGGATTTCTTGAAACCGATTGCGACATATTTCGAGGGAATTGGGTGTGGGATGAGACCTACCCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800836.1
MSHIDFVKKLKLLKPEEPTHAVLGCFFFSLCSISFFLLLDYRFLSGQLLFVSSWLKSNESASPRVGFLETDCDIFRGNWVWDETYPLYQSQDCMFLDAGFRCNENGRPDHFYTKWRWQPKDCNLPRFDGRMMLEKLRDRRVVFVGDSIGRNQWESLLCMLSSAIPNKSSVYEVNGRPITKHSGYLIFKFPDFNCTVEYYRAPFLVLQSRPPPASPEKVKMTLKLDQMDWNSAHWKGADVLVFNTGHWWNYEKTIRGGCYF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器