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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003078

染色体: Chr03 坐标: 47789980-47791858 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003078
名称SmilChr03G003078
描述protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向47789980 - 47791858 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016221
GeneID131016221
locus_tag-
NCBI NameLOC131016221
原始查询LOC131016221

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like
产物protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1-like
ArabidopsisAT5G67150 (AT5G67150)
HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836850]
identity=38.7; qcov=1.02; evalue=7.82e-99; confidence=medium
RiceOs08g0111300
-
identity=38.3; qcov=0.984; evalue=2.64e-85; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016221

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057800844.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057800844.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800844.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800844.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800844.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:47790451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B21,B55,C28,C74
Chr3:47790544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:47790573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr3:47790751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B21,B55,C28,C74
Chr3:47791092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,C43,C70
Chr3:47791137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B68,B88,C13,C45
Chr3:47791159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr3:47791162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C3
Chr3:47791244 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C40
Chr3:47791244 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C40
Chr3:47791246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:47791333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800844.1
451 aa
N
1
226
451
Transferase
C
PF02458 Transferase 19-444 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800844.1 Pfam PF02458 Transferase Family 19 444 3.5e-69 234.3 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944861.1
CCTTCCCCTGCATTAATTAATTGCGCATATTACATCGATTAATAACATAATAACGAAATCTATATGAAAAGATCAACCACGCAGAGACTCGTTCAAGCAATCACAAAAATACAAAAATAAACAGAATTAATAAAAAATTATACTAGTTGATCTTCCAATGAACTTACTCTAACAACTCCATCACCATGCATAATTTTTCAATCGCAACATTCTAAATTGCAATCCGATTTCGCTATAAATGCGACACATTTCCTCTACGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016221
ATGCCTCAAGATCAAATCCAAACCGTCTCAACATCGACGATCAAAATCGAATCAACGGCTAGGATCACCCTAACGCCGTCCGATCTTGAGCTCCTCTTTCTGGAATACGTACAAATGGGGCTCCTCTTCCCCCACCCCCATCAAACCACCCTCCTCAACAAAAACATCGTCCACCACCTCAAAGACTCCCTCGAGCTCACGCTCCACTTCTTCCCCACGCTCGTCGGCCGCCTCGCCACCGCCAGGTCCGACGACGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800844.1
MPQDQIQTVSTSTIKIESTARITLTPSDLELLFLEYVQMGLLFPHPHQTTLLNKNIVHHLKDSLELTLHFFPTLVGRLATARSDDGSATCFFLDCGHRDGGVVFIHAETSGLTVADVNESSNSGPGVVPSLFPLAGVYNKDGASHPLLAVQVTDLADGLFVGWTVNHLVADGTAFWHFLNSWAEISRGAESISKLPILSRDQVNLDLVGARDIYIRDEHLAMNENISADQSAAELSERVFRLTKEKVAKLKARANEEMEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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