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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000312`

染色体: Chr01 坐标: 6026254-6027351 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000312`
名称	SmilChr01G000312
描述	metalloendoproteinase 3-MMP-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	6026254 - 6027351 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016226`
GeneID	`131016226`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016226`
原始查询	`LOC131016226`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	metalloendoproteinase 3-MMP-like
产物	metalloendoproteinase 3-MMP-like
Arabidopsis	`AT1G59970` (AT1G59970) Matrixin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842291] identity=40.9; qcov=1.04; evalue=3.97e-79; confidence=medium
Rice	`Os02g0740700` (OsMMP1) - identity=44.1; qcov=0.938; evalue=5.2e-77; confidence=medium
GO	GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0030198 (extracellular matrix organization); GO:0030574 (collagen catabolic process); GO:0031012 (extracellular matrix)
KEGG	-
Pfam	PF00413 (Peptidase_M10); PF01471 (PG_binding_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016226

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057800854.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057800854.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057800854.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800854.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800854.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:6026684`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B1,B14,B97,C33,C52
`Chr1:6026684`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B1,B14,B97,C33,C52
`Chr1:6026687`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B1,B14,B97,C33,C52
`Chr1:6026687`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B1,B14,B97,C33,C52
`Chr1:6026774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A24,C10,C20,C75
`Chr1:6026874`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr1:6026892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B55,C18,C51,C87,D3
`Chr1:6027018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr1:6027080`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr1:6027149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B29
`Chr1:6027215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B13
`Chr1:6027218`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A1,A14,A22,A8,B105,B117,B15,B46,C16,C21,C32,C47,C60,C68,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800854.1

307 aa

154

307

PG_binding_1

Peptidase_M10

PF01471 PG_binding_1 52-108 aa PF00413 Peptidase_M10 159-303 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800854.1`	Pfam	`PF01471`	PG_binding_1	Domain	52	108	1.5e-13	51.4	Putative peptidoglycan binding domain
`XP_057800854.1`	Pfam	`PF00413`	Peptidase_M10	Domain	159	303	2.6e-46	158.1	Matrixin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944871.1
CACAAATTATACTATATTCTTACTCATAATGGCTATTAAGCGTTTTTACCTTATCCTATTTGTCTTCCTCATTTTCCTACTAATTGGCATCACTGCCAAAAGGAACACCTCCAGTGACAAAAATCCCCCACCGTTTGATTTCATCACGAAATTAAAAGGTTATCAAAAGGGAAACAACACGAAAGAGGTCCACGACCTCAAGGCCTATCTTGAGAGATTCGGTTACCTCAATAAAAATGAAGCCACTAATGGTGATTTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016226
ATGGCTATTAAGCGTTTTTACCTTATCCTATTTGTCTTCCTCATTTTCCTACTAATTGGCATCACTGCCAAAAGGAACACCTCCAGTGACAAAAATCCCCCACCGTTTGATTTCATCACGAAATTAAAAGGTTATCAAAAGGGAAACAACACGAAAGAGGTCCACGACCTCAAGGCCTATCTTGAGAGATTCGGTTACCTCAATAAAAATGAAGCCACTAATGGTGATTTCGACGATGCCCTCGAATCAGCCATCAAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800854.1
MAIKRFYLILFVFLIFLLIGITAKRNTSSDKNPPPFDFITKLKGYQKGNNTKEVHDLKAYLERFGYLNKNEATNGDFDDALESAIKTYQKNFHIKPSGVIDDDTISKMRAPRCGVADIVNGTNYMQPRNKNHLPRPTSIHTVSHFSFFRGEPRWPPAKNHLTYRFSSDFAADLVARAFQRWESDTHFSFSRVGNNQEADIVIEFKQGYHGDGSPFDGPYGILAHSFAPTDGRLHFDADENWSAADIPSADAIHLESVAVH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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