Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003090`

染色体: Chr03 坐标: 47923075-47925530 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003090`
名称	SmilChr03G003090
描述	RAN GTPase-activating protein 1
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	47923075 - 47925530 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016230`
GeneID	`131016230`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016230`
原始查询	`LOC131016230`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RAN GTPase-activating protein 1
产物	RAN GTPase-activating protein 1
Arabidopsis	`AT3G63130` (RANGAP1) RAN GTPase activating protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825488] identity=69.2; qcov=0.929; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0543200` - identity=63; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0005515 (protein binding)
KEGG	smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF13516 (LRR_6); PF13943 (WPP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016230

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800856.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057800856.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800856.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800856.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057800856.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:47923429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B87
`Chr3:47923847`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C47
`Chr3:47924327`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr3:47924447`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B53
`Chr3:47924767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,B79
`Chr3:47924789`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C52,D5
`Chr3:47924789`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C52,D5
`Chr3:47924896`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B118,B41,B75,C10,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800856.1

534 aa

267

534

WPP

LRR_6

LRR_1

LRR_6

PF13943 WPP 7-102 aa PF13516 LRR_6 209-228 aa PF00560 LRR_1 209-229 aa PF13516 LRR_6 319-340 aa PF13516 LRR_6 377-392 aa PF13516 LRR_6 405-426 aa PF13516 LRR_6 462-479 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800856.1`	Pfam	`PF13943`	WPP	Domain	7	102	2.3e-33	115.4	WPP domain
`XP_057800856.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	209	228	3.3e-21	74.3	Leucine Rich repeat
`XP_057800856.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	209	229	5.2e-10	38.2	Leucine Rich Repeat
`XP_057800856.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	319	340	3.3e-21	74.3	Leucine Rich repeat
`XP_057800856.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	377	392	3.3e-21	74.3	Leucine Rich repeat
`XP_057800856.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	405	426	3.3e-21	74.3	Leucine Rich repeat
`XP_057800856.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	462	479	3.3e-21	74.3	Leucine Rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944873.1
CCATAACAAAACCTTATCTGAAAATAGTTTTGGTGAAGTCCCATAGCGGGAGATATTACTGCGCACTTTCTCTCTCTAAATTCAAAATTACGTTCTTCTATAAATTTATTGCTCTCGCAGTTTTAGTATACACCACTTTGGATCTCTCACTCCTCTTTCTTCGCGGCGTTTCTCCGTTCCTGTTAATCGGTTGTTTTGATATGGAAGTTCCCACATTATCTGTGAAATTGTGGCCCATAAGCCAAAGCACAAGACTGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016230
ATGGAAGTTCCCACATTATCTGTGAAATTGTGGCCCATAAGCCAAAGCACAAGACTGAAACTTGTTGAGCGAATGACAAAAAATCTTGTAACTCCCTCCATTTGGTCTAGAAAGTATGGTCTTTTGAGTCAAGAAGAAGCTGAAGAGGATGCCAAGCAAATAGAGGTTGCAGCTTTTGCTGCAGCGAACCAACATTTTGGGAAGGAACCTCATGGAGATGGAAGTTCAGCGGTGCAGTTATATGCTAAAGAATCTAGTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800856.1
MEVPTLSVKLWPISQSTRLKLVERMTKNLVTPSIWSRKYGLLSQEEAEEDAKQIEVAAFAAANQHFGKEPHGDGSSAVQLYAKESSRLMIDVIKRGPVTKADAELGILDKIKEYDGTTFDISGDPRKVIGADDAEKLLKLLKEPGRRYTKICFSNTSFGREAALVAQPILSSMKDHLTEVDLSDFVAGRSEEEALEVMDMFSSALEGSKLRYLNLSHNALGEKGIRAFDALLKSQYDLEELYLINDGISEEAAVAVHELI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器