Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003095`

染色体: Chr03 坐标: 47980541-47982355 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003095`
名称	SmilChr03G003095
描述	probable inactive patatin-like protein 9
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	47980541 - 47982355 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016238`
GeneID	`131016238`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016238`
原始查询	`LOC131016238`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable inactive patatin-like protein 9
产物	probable inactive patatin-like protein 9
Arabidopsis	`AT3G63200` (PLP9) PATATIN-like protein 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825495] identity=71.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0784100` (OspPLAIIIgamma) - identity=39.6; qcov=1.09; evalue=3.19e-70; confidence=medium
GO	GO:0006629 (lipid metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF01734 (Patatin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057800876.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057800876.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057800876.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800876.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800876.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:47980705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,C53
`Chr3:47981023`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr3:47981041`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr3:47981090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B68,B94,D5
`Chr3:47981099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B21,B55,C28,C74
`Chr3:47981245`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr3:47981533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:47981596`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C83
`Chr3:47981596`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C83
`Chr3:47981622`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A13,A5,B1,B134,B39,B4,C21,C82,D6
`Chr3:47981629`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	120	A1,A10,A11,A13,A2,A21,A22,A24,A3,A5,A7,B1,B101,B106,B108,B115,B117,B121,B123,B124,B126,B127,B132,B134,B138,B18,B2,B20,B30,B31,B33,B35,B36,B39,B4,B46,B47,B5,B51,B53,B54,B57,B59,B6,B61,B62,B64,B68,B7,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B85,B86,B89,B9,B93,B94,B96,B98,B99,C1,C10,C11,C14,C16,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C26,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C41,C42,C45,C48,C5,C50,C54,C56,C58,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C71,C75,C8,C82,C83,C85,C87,D3,D5,D6,D7
`Chr3:47981649`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	120	A1,A10,A11,A13,A2,A21,A22,A24,A3,A5,A7,B1,B101,B106,B108,B115,B117,B121,B123,B124,B126,B127,B132,B134,B138,B18,B2,B20,B30,B31,B33,B35,B36,B39,B4,B46,B47,B5,B51,B53,B54,B57,B59,B6,B61,B62,B64,B68,B7,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B85,B86,B89,B9,B93,B94,B96,B98,B99,C1,C10,C11,C14,C16,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C26,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C41,C42,C45,C48,C5,C50,C54,C56,C58,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C71,C75,C8,C82,C83,C85,C87,D3,D5,D6,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800876.1

378 aa

189

378

Patatin

PF01734 Patatin 30-230 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800876.1`	Pfam	`PF01734`	Patatin	Domain	30	230	1.5e-20	75.0	Patatin-like phospholipase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944893.1
CACATCGTAAGTAGAGTACTACTCTCTCTACGGTCGCATCGCACCCAAGCCAAGAAGCATCCTTCCTTCTCAACAAAACAATCCCACGTATGTATATATGTATGTATTGGCACACTCACTCCCTCACTCACTCACACTCGCCTCACTTTTGCTTACAGTGAATCGGAAATGCGCACTTACCCACTCACTGTGTGCGATTATTTATGAAGTGCATCTTAGCTCCGCTCACCTCCATTAATGGCGCTCAGTAGTTAAGCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016238
ATGGAGTTGAGCAAGGTGACGCTGGAGATTTTCTCCAAGCTAGAGCAGAAATGGCTGCACCACTGCGAGGGCAAGAAGACGCGTGTATTAAGCATCGATGGCGGTGGAACAACCGGCATTGTCGCCTGTGCCGCCTTGGTCCACCTCGAGGACCAGATCCACGAGAAAACCGGCGATTCCAATGCGCGGATTGCCGATTTCTTCGATATCGTTGTCGGCACGGGAATCGGCGCTCTCCTCGCCGCGATGCTCGTCGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800876.1
MELSKVTLEIFSKLEQKWLHHCEGKKTRVLSIDGGGTTGIVACAALVHLEDQIHEKTGDSNARIADFFDIVVGTGIGALLAAMLVADDGSGRPLFSARDASKFLEANQAKLFRVKKLAGFRRRMRFSGRSMDTVLQAAFRREDGKVLTLKDTCKPLLVPCFDLKSSAPFVFSRADASESPSFDFELSKVIRATSATPSMLKPYRLSSSDGKISCLAVDGGLVMNNPTAAAVTHVLHNKRDFPSVTGVDDLLVLSIGNGAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器