当前解析结果
SmilChr03G003126| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003126 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003126 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G003126 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 48441763 - 48453830 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016273 |
|---|---|
| GeneID | 131016273 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016273 |
| 原始查询 | LOC131016273 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31029 (Cauli_VI_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016273 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057800901.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057800901.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057800901.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057800901.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800901.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:48441917 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr3:48441925 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 52 | A13,A23,B105,B113,B129,B132,B134,B136,B18,B19,B21,B29,B3,B30,B32,B38,B4,B45,B51,B52,B55,B56,B64,B76,B78,B82,B86,B88,B9,B93,B94,B95,B96,C10,C11,C12,C14,C16,C25,C32,C49,C54,C59,C68,C69,C7,C79,C83,D11,D4,D8,D9 |
Chr3:48441943 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B101,B123,B131,B82,C34,C63,C65,C77 |
Chr3:48441987 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B32,C49 |
Chr3:48441987 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,C49 |
Chr3:48442006 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C12,C15,C21 |
Chr3:48442023 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr3:48442032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C27,C33,D4 |
Chr3:48442064 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B57,C19,C8 |
Chr3:48442080 |
G |
GAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B129,B81 |
Chr3:48442080 |
G |
GAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B129,B81 |
Chr3:48442113 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B119,B90,C13,C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800901.1PF31029
Cauli_VI_C 160-383 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800901.1 |
Pfam | PF31029 |
Cauli_VI_C | Domain | 160 | 383 | 5.1e-48 | 164.1 | Caulimoviridae transactivator/viroplasmin C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。